大蒜中的各类营养物质容易受到加工烹饪方式的影响，如果食用大蒜的方法不对，也等于白吃。比如上面说的大蒜素，其杀灭沸点为80℃~85℃，高温烹饪后几乎失活。
糖蒜、醋蒜等腌制类大蒜也一样，有实验发现，腌制后大蒜几乎失去了抑菌效果，因为其中的抑菌物质也在加工过程中被流失或降解了。所以，要保留大蒜最大的营养，最好的方式是生吃！
大蒜中的某些成分会对肠胃产生刺机，还会对肠道消化液的分泌产生抑制作用，从而加重肝病患者的恶心等症状，不利于疾病的恢复。
腹泻或腹泻伴有非细菌新肠炎的患者不宜生吃大蒜，因为辛辣的大蒜素会对肠道造成刺机，导致肠黏膜水肿、充血加重，使病请恶化。
