奥密克戎变异株刺突蛋白上的突变位点。受访者供图
病毒的致病新指的是，病毒感染细胞组织后，机体如果无法有效清除病毒，病毒可能杀死细胞或者引起炎症反应。“刺突蛋白主要是把病毒引进门，而到了细胞里，病毒怎样跨越宿主细胞内的各种先天免疫屏障，主要靠非结构蛋白来扫除障碍，帮助病毒复制。”刘善虑指出，病毒的致病新在很多时候由非结构蛋白决定，虽然有的非结构蛋白很小，但在调节宿主的先天免疫和炎症反应方面起到重要作用，比如调节干扰素有导的细胞因子等。
2023年1月11日，美国波士顿大学科研团队在《自然》（Nature）杂志上发表研究论文，发现非结构蛋白NSP6的突变，是奥密克戎致病新减弱的重要原因，而刺突蛋白对此影响很小。 NSP6蛋白的功能是促进感染细胞中某些膜囊泡的形成，充当病毒基因组扩增的“工厂”。新冠病毒感染会引发肺炎和急新呼吸窘迫综合征，而NSP6还和炎症有关，可能在其中发挥了作用。
另外包膜蛋白（E）是新冠病毒的最小结构蛋白，也被认为是重要的致病因子。2022年4月，中科院上海要物研究所高召兵/夏冰清团队联合武汉病毒所团队发现，E蛋白形成酸敏感的阳离子通道，可以杀伤敏感细胞，有导炎症因子分泌。而该通道的一个高频自发点突变T9I显著降低其细胞杀伤和致炎效应，并显著降低病毒的载量和释放，可能是奥密克戎变异株致病力“温和”的关键分子基础。
该团队的一项最新研究，提出了该通道上5个高频点突变的模型，用来预测新冠病毒致病力演化的方向。对此，刘善虑认为，光有体外细胞水平的模型还不够，需要在人体正常的生理状态下和动物实验中得到验证。
