盐酸氨糖：盐酸氨糖含有氯离子，会对血压造成一定的波动，并且对动物黏膜有一定的刺机，美国有动物研究显示，氯离子会增加膀胱、结肠和直肠癌的发病风险，是一种潜在的致癌物。
硫酸氨糖：从分子量的角度分析，硫酸氨糖的纯度比盐酸氨糖稍低，但不含氯离子，没有潜在副作用风险。不过有研究表明，硫酸氨糖的吸收率略高于盐酸氨糖，可能与硫酸根与人体的亲和力更高有关。
3、单方氨糖和复方氨糖
单方氨糖：单方氨糖成分比较单一，主要成分只有氨基葡萄糖一种成分，吸收率较低，新价比很低。复方氨糖：复方氨糖配方较为复杂，一般常与硫酸软骨素、二甲基枫(MSM)、维生素C、锰和硒等组合配方。其中MSM和硫酸软骨素能够促进氨糖的吸收。
一般最顶尖的复方氨糖组合为：氨糖+软骨素+MSM+维生素D3+锰+硒。所有的复方氨糖，吸收率都是高于单方氨糖的，这点是有大量实验数据达成的普遍共识，但复方氨糖配方比较复杂，成本和技术要求也更加高，所以是否有足够的技术？是否足够有新价比？怎么选择就蛮重要了。
