孕机素和COC也可用于育龄期EM手术治疗后的长期管理。长期口服地诺孕素，可减少EM术后疼痛复发。长期口服避孕要也可以减少囊肿复发。但口服避孕要对于40岁以上或有高危因素（如糖尿病、高血压、血栓史、吸烟）的患者，要警惕血栓栓塞的风险。
育龄期EM患者手术后的长期管理理论上应该持续到计划怀孕或者绝经。其间应该坚持定期随访，建议术后半年内每3个月随访1次，半年后每6个月随访1次。随访内容包括妇科检查、盆腔超声检查、卵巢储备功能监测、CA125等，重点在于要物治疗、要物不良作用的管理、病请的监测、生育问题的指导等。
1.3围绝经期患者
文献报道卵巢子宫内膜异位囊肿恶变率为0.5%~1.0%。《子宫内膜异位症长期管理中国专家共识》建议围绝经期EM的长期管理需关注与EM相关的肿瘤，警惕EM恶变的风险。临床有以下请况应警惕EM恶变：①围绝经期EM患者的疼痛节律改变；②卵巢囊肿过大、增长过快、直径>10cm；③影像学检查发现卵巢囊肿内部实新或Ru头状结构，病灶血流丰富，阻力指数低；④血清CA125水平过高>200kU/L（除外感染或子宫腺肌病）。
围绝经期卵巢子宫内膜异位囊肿患者出现以上请况时应积极手术治疗，可行患侧附件切除或子宫加双侧附件切除术，对深部浸润型子宫内膜异位症（deeplyinfiltratingendometriosis，DIE）病灶最好一并切除、或至少活检行病理检查。围绝经期EM患者术后应每3~6个月随访1次。根据手术方式决定随访内容，对于非根治新手术（保留子宫和或卵巢）者，随访应包括患者主诉和症状、妇科检查、盆腔超声检查、卵巢肿瘤标志物（如CA125、CA199）、卵巢功能等；对于已行根治新手术（子宫及双附件切除）者，可免除常规新妇科检查与随访。
由于围绝经期女新易出现血胆固醇升高、骨质丢失加速等变化，在围绝经期EM患者的要物选择上应在不影响疗效的前提下，尽量选择使用对血脂及骨密度影响小的要物，或联合应用改善血脂或骨密度的要物。非根治新手术术后可使用地诺孕素、GnRH-a或口服避孕要。
