5.农产品加工总产值占比比较低。以2020年为例，重庆农产品加工业总产值与农业总产值比为1.5∶1，低于全国平均水平2.3∶1，仅位居全国第17位，与山东、广东等省相比存在较大差距，跟其他3个直辖市相比差距更大，与重庆市作为直辖市、国家中心城市、长江上游地区经济中心的地位不匹配。
6.农业经营主体带动效应不够强。重庆的大多数企业仍以原料供给型、资源消耗型、初级加工型为主，且产品形式较为单一。2019年，重庆农产品加工企业11749户，其中规模以上企业1135户，占比不到10%，平均主营业务收入2.16亿元，在全国排第19位。在带动就业方面，大部分农产品加工企业固定从业人员在几十人到几百人之间，带动效应不强。
7.农业技术创新能力不够强。多学科、多产业的智慧农业创新团队尚未形成，“产学研”技术力量支撑较薄弱，科技创新平台和中试基地等创新落地载体较少，现代农业园区和龙头企业的带动示范作用未能充分发挥，成熟可复制可推广的成套技术和应用模式有限，政府引导、市场运行的双轮驱动良新发展机制有待建立。
8.农村产业融合缺乏系统评价的指标体系。虽然出台了《关于加强现代农业产业园建设指导意见》《重庆市现代农业产业园建设管理办法》《重庆市优势特SE产业集群建设管理规范（试行）》等促进农村产业融合的相关文件，制定了相关评价指标，但是缺乏系统评价农村一二三产业融合发展水平的数据指标和评价体系，缺少科学的评价指标体系对融合发展水平和效果进行定量评价。
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