1394年，燕王朱棣率大军南下，以“清君侧”的名义向南京发兵，这就是历史上有名的“靖难之役”。 结果在这场叔侄内战中，建文帝犯了致命弱点：心慈手软。他的军队有好几次能够把朱棣消灭，却最终都丧失了。原业，建文帝为了防止自己背上一个杀叔的罪名，下令不许伤害自己的叔叔，结果在对燕王作战时，朱允炆的这道命令让朱棣多次化险为夷。
4年后，朱棣的大军攻陷了京师，燕王成功篡位，是为明成祖。而建文帝则在战乱中突然“失踪”了。
有人说他死乱军之中，因葬身火海而尸骨无存。据《明太宗实录》记载：朱棣见到宫中起大火，急忙派人前往灭火救人，但是已经来不及了，大火熊熊蔓延，建文帝葬身火海。于是朱棣下令厚葬建文帝，并且辍朝三日表示悼念。不过这种说法并不可信，因为其他资料中都没有记载过建文帝的殡葬仪式，谁也不知道建文帝的陵寝所在。
而更多人认为建文帝朱允炆并没有死，在南京城破之时已经走密道逃走了，最后出家当和尚了。有野史更是详细地记载，在朱棣兵临城下时，为防被俘受辱，建文帝决定自尽殉国。但就在这个时候一个老太监给了一样东西——明太祖朱元璋生前留下的密匣子。老太监说，这是明太祖的意思，说是如果以后皇帝遇到了危险的话，那么就打开这个匣子，里面自有解决的办法。而建文帝打开了匣子一看，结果发现里面放着袈裟，度牒以及剃度刀，同时，还有一封信，里面写道：应文从鬼门出，余从水关御沟而行，薄暮，会于神乐观之西房”。建文帝一看，领悟到了太祖的用意，于是他二话没说便把自己的头发剃了，然后潜逃出城来。
而建文帝的皇后在他逃跑之后为了掩护他，才命人放火烧城，自己自焚而死，结果第二天朱棣攻入城里之后，误以为是建文帝自焚。
那么，朱允炆从南京城里逃出来后，又逃到了哪里去了呢？有说法是，他几经辗转来到了福建泉州，最后逃往了海外。明成祖朱棣担心建文帝纠集当地的中国人，或者是以宗主的身份号召南洋诸国兴兵，因此很不放心，特意派遣郑和数下西洋以宣扬国威为借口，实为寻找建文帝。
但从此建文帝下落却成了不大不小的谜团。
直到600多年以后，事请才有了新的转机。2008年的1月的一天，一工程施工队人员在福建宁德市蕉城区金涵乡上金贝村登山道施工，意外地发现了一座古墓。
考古人员听闻后，马上赶到了现场，大家一看都惊呆了：古墓有拜亭、舍利塔、地宫，地面上散落有鱼形状鱼纹和龙形石脊的构件，舍利塔上的一处碑文还刻有“御赐金襕佛曰圆明大师第三代沧海珠禅师之塔”，粗步推断，可以得知墓主是一位高僧。
而随着考古工作的深入，不由得惊喜若狂。打开棺椁之后，但见里面座棺椁坐北朝南并列放置，大棺椁在6吨左右，而小棺椁在4吨左右。后经专家考证得出，这座墓葬属于明代早期墓葬，棺椁内的尸体已经腐烂，经过几百年的岁月沧桑，只剩下了两副骨架，但是在墓主人身上的衣着装饰上，考古人员读出了很多的信息。专家终于给出了一个惊人答案：这是建文帝的墓。
专家给出的理由是：
第一，碑文上的“御赐金襕佛曰圆明大师第三代沧海珠禅师之塔”中，“圆明”或是“明朝和功德圆满”之意，也指早年出家的朱元璋。“第三代”是孙辈，与朱允炆的身份暗合。“沧海”有神州一统的隐喻，“珠”暗指“墓主姓朱”，那沧海珠禅师是建文帝的可能新非常大。
第二，墓中的装饰很奇怪，该墓的前面两边各有一条闭嘴龙。这也是明代墓的标志。墓塔下有莲花座撑起，这跟和尚有关。墓的规格显然不是普通官员能相比。此外，墓的朝向为座正北朝正南，只有皇帝才能取这个方位。墓所在的村中有郑姓人氏，疑是跟建文帝一起逃出的大臣翰林待诏郑洽的后裔。
第三，建文帝死前流落于宁德金邶寺的依据还有明代九龙袈裟，这件袈裟应是曾做过和尚的元太祖朱元璋之物，建文帝出逃时匆忙披上这件袈裟假扮和尚逃走。
消息传出，世人为之哗然。关于建文帝下落的考古也一直执续深入地进行着。
随着时间推移，到了2014年，专家们又给出了建文帝出亡路的具体线图：建文帝出亡走水路，从江苏太仓刘家港出海，沿浙江近海南下，一度在温州港停靠并曾上岸过。然后继续南下，第一个目的地是福建福宁的大京千户所。
后来战事来的太快，郑和的10万楼船水军已经到达，两军交战，建文军败绩，建文势力通过三都澳撤向宁德（今蕉城）腹地。而建文帝死后便安葬在了宁德金邶寺。
当然，建文帝生死600年悬案的谜团和秘密目前并没有定论，要真正解开这个谜底，还需要进一步论证。
