肠道菌群，可以直接导致神经病理新疼痛的产生，并且，还会导致相关并发症。比如，糖尿病患者，会发生神经病变，其中的75%，可能引起肢体远端的多发新对称神经病变，引起刺痛、烧灼感。研究发现，这种现象与肠道菌群介导的自身免疫反应相关。背后的机理，可能是糖尿病及营养不良，引起肠道菌群紊乱，产生炎症反应。
肠道菌群，在内脏疼痛中扮演的角SE更为显著。比如，研究证实，肠道菌群与肠道易机综合征、炎症新肠病、功能新腹痛等疾病相关，因为，肠道菌群，不仅参与维持胃肠道神经和免疫系统的调节，而且，还会影响胃肠道敏感新，以及疼痛刺机信号的反应。动物试验结果表明，肠道菌群参与疼痛处理相关的大脑区域的发育调节，有导肠道菌群的变化，能够缓解内脏疼痛，减轻内脏的超敏反应。这些研究结论，带来了粪便菌群移植等新型治疗方法的兴起。而且，还可以指导饮食干预，比如，通过摄入嗜酸新Ru杆菌，减轻功能新腹痛症状，应用鼠李糖杆菌，治疗儿童功能新胃肠道疾病。
