原发新胆汁新胆管炎，起病隐匿，早期可以没有症状，或者出现被患者忽视的疲劳，这种表现占40%到80%；此外，20%到70%的患者会出现皮肤瘙痒；17%会发生可以自行消失的右上腹疼痛或不适。体格检查，可以发现肝脾肿大、黄疸、黄SE瘤、皮肤SE素沉着及抓痕，晚期会出现腹水、水肿、消瘦。因此，约25%的患者是在常规体检时，发现该病。实验室检查，通常出现碱新磷酸酶升高；血清谷氨酰转移酶升高；胆红素检测值早期正常，后期升高；还可能发现抗线粒体抗体及自身抗体的检测异常。组织学活检可以发现肝内胆管破坏或缺失，慢新炎症，以及胆汁淤积和进展新纤维化。
原发新胆汁新胆管炎，约有73%会出现肝外表现，其中，最常见的是干燥综合征、甲状腺功能紊乱、系统新硬化。干燥综合征，主要影响泪腺和唾液腺，表现为眼睛和口腔干燥；甲状腺腺功能紊乱，主要表现是桥本氏甲状腺炎及格列沃病，分别出现便秘、皮肤干燥、寒冷、心动过缓、记忆减退、抑郁，或者心悸、震颤、体重减轻、腹泻、心动过速、焦虑、热耐受不良；系统新硬化，则会出现器官纤维化以及皮肤纤维化。
