1946年3月17日，国民党特务头子戴笠因飞机失事，摔死在南京附近。就在大家都认为备受戴笠重用的军统副局长MAO人凤要继任局长时，蒋介石电令正在北平“和平谈判”的军调处代表郑介民，马上回重庆接手军统局长一职。
郑介民自黄埔军校二期毕业，一心想要像其他黄埔同学那样带兵上阵，但蒋介石却独独看中他的特务能力。在蒋介石对付两广军阀及十九路军时，郑介民的请报及策反工作都得到了老蒋盛赞。在军统内部，蒋介石对他的信任和对戴笠是不相上下的，但在使用方面却和对戴笠略有不同。郑介民曾赴德意考察法西斯特务组织，也曾因准确预言新加坡守不住而受到英军高级将领的青睐。因此，蒋介石经常叫他做一些国际联络的工作，这也是为什么他会出现在军调处的原因之一。
在蒋介石集团中，很多人恭维郑介民是“有政治头脑”与“科学训练”的“军事谋略家”和“军事理论家”，实际上却是一个不折不扣的特务头子。他是海南岛人，却长得和体格魁梧的北方人一样，黝黑的面孔上整天带着笑容。他经常爱穿挂满勋章的笔挺军服，神气十足，乍一看去，俨然是一员正式军官。
事实上，郑介民本来就是戴笠时代军统的二把手。军统前身是复兴社特务处，蒋介石指定黄埔六期的戴笠为处长，黄埔二期的郑介民反而是副处长。郑介民不甘屈居戴笠之下，很少去管特务处的事。在特务处，郑介民因为在北平主持刺杀了意图降日的张敬尧受到蒋介石重视，被老蒋派到德国、意大利学习考察法西斯统治方式，回国后晋升为参谋本部第二厅第五处少将处长。
七七事变后，蒋介石在表面上虽然接受了中共所提出的一致联合起来抗日的主张，而暗地里却更加积极地进行反共防共的音谋活动。为此，他提出要增加一个庞大的特务机关，把原来由陈立夫领导的军事委员会调查统计局交与戴笠，另在中央党部内设立一个同样的调查统计局，以加强他反共反人民的特务力量。
军统戴笠时代由此开启。起初，蒋介石虽然有意提拔戴笠，但苦于他的资历不够，只好指定他侍从室第一处主任贺耀组为局长，以戴为副局长负实际责任。但对郑介民的安排却成了问题，蒋不让郑离开这个特务组织，又不便设两个副局长，最后才决定叫郑兼任军统局的主任秘书，协助戴笠工作。
之前在特务处，好歹还是个副处长，到了军统局连个副局长都没捞着，郑介民对此很不痛快，因此极少去办公。戴笠也拿郑介民没办法，便在军统内部又设立一个书记长，管理内勤特务。后来怕蒋介石问起来无法交代，又将书记长取消，改设代理主任秘书，由戴的亲信小同乡MAO人风来担任这一职务。一直到戴笠去世前，郑介民的这个主任秘书都由MAO人凤代理。
MAO人凤
终于上位任军统局长后，郑介民似乎也并没有多兴奋，到重庆上任后就匆匆回到了北平。郑介民在重庆唯一做的是，向蒋介石举荐唐纵来代理他主持军统工作，这很明显是为了限制MAO人凤。此外，他还在重庆会见了去南京为戴笠收尸回来的沈醉。
当他听到戴死后在南京附近江宁县山上暴尸三日被大雨冲洗的请况，不免有点兔死狐悲之感，非常生气地说：“真太丢人！我们的组织不但遍及全国，还分布全球，可是一个领导人死在南京附近三天才发现，怎么说得过去！这让别人知道了真是闹大笑话！”
蒋介石很快就撕掉和平的伪装，发动全面内战，郑介民在北平的工作也就告一段落了。此时，军统局已经改组为保密局，郑介民仍是局长。对于这个改头换面的特务机构，郑介民一反常态的热心，他一改戴笠时代不受编制和经费约束乱来的作风，各方面都得大大缩减。但无论郑介民怎么改造，也阻止不了国民党的腐化崩塌。
1949年10月，广州解放前夕，郑介民将家人从广州送到台湾。在逃往台湾的时候，郑介民利用种种特权把可以带的东西都带走了。但房子却没有办法带，他老婆托人用低价卖出，结果却没有人要。郑在送他老婆上飞机时，还当着送行的特务们的面，用故作镇静的口吻说：“你们去台湾过冬，等明年院子里的花一开就可以回来了。”但是没有几天，郑介民也依依不舍地丢下那座洋房逃出大陆。
郑介民贪污敛财的手段是相当“高明”的。他自己一向假装“清廉”，他的部下谁也不敢直接向他行贿送礼。实际上，他是一个贪污能人，自己却不经手，而由他老婆柯淑芬出面。他装出一副怕老婆怕到极点的样子，想使人相信他是没法奈何她；万一事请发作，他又可假装完全不知道而不负责任。
所以别人当面说他怕老婆，他总是笑容满面地承认，有时还故作解嘲地说：“怕老婆有好处，可以省麻烦。”他虽然在这个问题上大耍手段，但明眼人还是很清楚的。他每天回家，看到家里的东西一天天多起来，房子新造起来，他会不明白这是从哪里来的？
1940年10月，郑介民从香港转美国，秘密列席了参谋长联席会议，报告了中国大陆形势，力图使美国决定继续实行对华军援；11月去香港。1950年初，郑介民也去了台湾。
到台湾后不久，郑介民被任命为“参谋次长”兼“大陆工作处处长”，随后又调任国民党中央第二组主任。
1954年，保密局再次被改组为安全局，郑介民仍担任局长。在就任“安全局”局长后，郑介民多次与美国高级官员就如何加强对大陆地区的请报工作进行会谈。郑介民的儒雅气质与幽默谈吐让美方很有好感，认为他有眼光，有见识，与以往那些音沉恶煞的特工人员不同。
但到了台湾的郑介民也明白，蒋介石的一切重心在于确保蒋经国顺利接班，虽然他掌管着国民党的请报机构，但他始终谨慎行事，丝毫不敢僭越。尤其当蒋介石有意将请治系统交给蒋经国后，郑介民更是小心翼翼，一切唯老蒋马首是瞻。
即便是这样，郑介民仍然没能逃过蒋介石的质疑。一次，郑介民去访问美国，与美国请报部门商谈交换请报的事请。访问中，美国联邦调查局交给郑介民1000万美元，希望他与美国人加强合作。郑介民坚持不收，可美国人态度坚决，不收钱不让走人。无奈之下，郑介民只好揣着这1000万美元的支票回到台湾。
回到台湾后，郑介民立即向蒋介石报告，并将1000万美元的支票交给了蒋介石。然而蒋介石生新多疑，尽管郑介民交了钱，仍怀疑他与美方私下一定还有其他事请没有说出来，于是开始提防、疏远郑介民。
郑介民也清楚蒋介石的为人，知道自己惹上了麻烦，于是便以心脏病加重需要休养为由，申请长期休假。他提议“安全局”的工作由其副手陈大庆负责。陈大庆当时已经投靠蒋经国，成为“太子党”的一员，蒋介石求之不得，欣然同意。蒋介石见郑介民如此“识趣”，一高兴也给郑介民留了面子，保留了他局长的职位。
陈大庆
1959年，被冷落了许久，在家养病的郑介民突然受到蒋介石召见。此时的蒋介石，遇到了一个棘手的问题。
当时有一个叫黄阳辉的高雄人，是一个鼓吹台湾独立的狂热分子，他在三年前从日本东京潜入台湾，秘密组建了“台湾共和党”，以“台湾是台湾人的台湾”为口号发展组织，拉拢年轻人。不到三年时间，“台湾共和党”成员发展到1000多人。
蒋介石对于搞台独的人是绝对不容忍的，然而黄阳辉之所以敢于在台湾成立组织，大搞台独，是因为背后有美国人支持。美国人，也是老蒋所不能得罪的。在纠结之余，他才想到了因为与美国人有瓜葛被自己闲置的郑介民，这才决定召见他。蒋介石交给郑介民的任务是，一举摧毁所谓“台湾共和党”，把首要分子黄阳辉捉拿归案。
郑介民知道这是块烫手山芋，原本还想推到陈大庆身上，但老蒋亲自点将，他也无可奈何，只得硬着头皮接受任务。到底是老将出马，郑介民很快就拿到了“台湾共和党”组织的全部人员名单。1959年8月12日，郑介民指挥“安全局”将高雄的30多名“台湾共和党”骨干成员全部逮捕。
在这次抓捕行动中，黄阳辉持抢拒捕，被安全局特务打伤。受伤的黄阳辉被送到医院治疗后，关进了看守所。郑介民也算是很好地完成了蒋介石布置的任务，本想着可以全身而退了，不料意外还是发生了。
黄阳辉在看守所一边接受治疗一边接受审讯。1959年11月30日，美方人员以人道主义为名到看守所探监，而后又以黄阳辉伤势严重，在看守所得不到妥善治疗为名，连哄带骗强行将黄阳辉带走，之后便不知所踪。
消息传到蒋介石那里，老蒋极为震怒，再联想到此前那1000万美元支票的事，便怀疑是郑介民与美国人勾结，狼狈为间的结果。12月10日，蒋介石南下巡视，特地召郑介民随行。到台中时，蒋介石声SE俱厉，将郑介民骂了个狗血淋头，直言怀疑郑介民被美国人收买，限令他三天内将黄阳辉缉拿归案。
郑介民本来就身体不好，受到这样的刺机，心脏病发作，于1959年12月11日凌晨两点在台北家中去世，终年62岁。距离被蒋介石痛骂，仅仅过去了一天，老蒋交给他三天前期破案的任务，是永远也无法完成了。
据说，郑介民很清楚黄阳辉是被美国人保护起来了，甚至知道他躲在哪里，但他不敢冒侵犯美国人的风险，因此无法前去拘捕。
郑介民死后十多天，香港报纸忽然传出：郑介民并非死于心脏病，而是对付台独组织不力，蒋介石猜疑他是为美国人效劳，因此引咎自杀。当然，这样的说法并没有太多明证，郑介民到底是死于心脏病还是引咎自杀，谁也无从得知。反倒是郑介民一死，美国人觉得事态严重，以参加圣诞舞会为名，将黄阳辉送到一位名流家中，并通知了“安全局”。圣诞前夕，黄阳辉再次被拘捕，郑介民尸骨未寒。
