在康熙的英明决策下，西路费扬古，东路萨布素，中路康熙，形成犄角之势，各路大军进抵昭莫多，噶尔丹队伍在战斗中，受伤士兵众多，仍然是坚守城池，拼死决斗，没有打算退兵的想法，西路军费扬古看到一处地方重兵，不为所动，经手下士兵打探消息，才知道此地居住着妇女和一些牲畜，费扬古派出手下的力量包抄这个地方，顿时，把守妇女和牲畜周围的守将乱作一团，趁此机会，斩杀和俘虏3000多人，甚至在夜里清军追击达30多里。
很遗憾的是，噶尔丹这个狡猾的人带领几十名骑兵又再一次被逃跑了，但是他的妻子阿努可敦等被击毙，这个第二次康熙亲征噶尔丹虽然重创了噶尔丹的队伍，但是噶尔丹逃跑了，是有死灰复燃的可能新的，在这两次战斗发生过后，康熙传话让噶尔丹举手投降，归顺大清，说噶尔丹若是不投降，那么朕就是啃着雪，前往征讨，一直都不会中断停止的，那么噶尔丹仍然是输死抵抗，绝不服输，还派遣使者向清朝诈降，康熙呢将计就计，深信他是真投降，并给他限定70天的时间亲自到北京来投降，过了一段时间，噶尔丹的孩子被抓获，他们内部又在蠢蠢衣动了，那么第三次亲征噶尔丹，势在必行。
也就是隔了一年，1697年，康熙皇帝度过黄河御驾亲征，由于噶尔丹内部矛盾重重，他的侄子占据了噶尔丹的根据地新疆的伊利，他们之前也见识到了清军的所向披靡，因此，都纷纷投降了，俗话说，早知如此，何必当初，害的清军经过几番征战才让他们心服口服，噶尔丹呢，眼看失败，不得志，就服毒自杀，在他死后，遗体被火化，噶尔丹的侄子霸占噶尔丹的骨灰和他的女儿，基于此行为，清朝阻碍他们的相关贸易行为，隔了一年后，噶尔丹的侄子向清朝上交了噶尔丹的骨灰。
至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝，但是准噶尔部的一些贵部势力，仍然是不是的发生一些烧乱，雍正皇帝继位以后，也在继续评判，在平定了追噶尔的叛乱以后，康熙已经是43岁了，捍卫西北边疆的斗争，产生了良好影响。
