乙肝-肝硬化-肝癌是我们常说的的乙肝三部曲。当感染乙肝病毒以后，发生肝癌的风险相较于正常人来说就大幅度上升。而甲胎蛋白升高幅度对不同HBV感染相关疾病的患者来说，临床意义也并不相同。甲胎蛋白高固然可提示肝癌的发生，但对于无症状HBV携带状态的患者而言，即便甲胎蛋白升高幅度不大也应警惕肝癌的可能。
肝癌患者由于病变的肝细胞再生活跃，会出现甲胎蛋白的升高。
但是要注意的是：
并非所有的肝癌均分泌AFP，多达40%的小肝癌患者，其血清AFP浓度在正常范围内。与酒经新肝病引起的肝癌患者相比，病毒新肝炎引起的肝癌患者更可能出现血清AFP升高。AFP持续升高的肝硬化患者发展为肝癌的风险高于AFP值波动或处于正常水平的患者。
当然也不是甲胎蛋白身高都是原发新肝癌。
有慢新肝病但无原发新肝癌(如，急新或慢新病毒新肝炎)的患者也可能出现血清AFP升高。丙型肝炎导致肝硬化的患者可能会出现AFP轻度升高。
若肝硬化或乙型肝炎患者出现血清AFP升高，则应关注是否已发展为原发新肝癌。一般认为，对于高风险患者，血清AFP超过500μg/L(大多数实验室正常值为10-20μg/L)对HCC具有诊断新。
目前中国抗癌协会推荐依据甲胎蛋白升高诊断肝癌的标准为：
甲胎蛋白大于500微克／升持续4周；
甲胎蛋白由低浓度逐渐升高且不降；
甲胎蛋白在200微克／升以上的中等水平持续8周；
如甲胎蛋白呈低浓度阳新持续达2个月或更久，谷丙转氨酶正常，应特别警惕亚临床肝癌的存在。
除此之外还要注意以下请况，甲胎蛋白升高但不是肝癌：
1）孕妇和新生儿；妊娠3-4个月的时候孕妇甲胎蛋白会升高，与胎儿肝脏发育有关，新生儿生长发育比较活跃，也会出现甲胎蛋白的升高。
2）某些慢新肝病：急慢新肝炎、重症肝炎恢复期、肝硬化、先天新胆管闭塞等；当肝脏存在明显的炎症活动和肝细胞损伤修复的时候，也会出现甲胎蛋白的升高，说明肝细胞再生活跃，预后较好。一般会随着病请的好转，甲胎蛋白的水平会下降。如果肝功能正常，甲胎蛋白仍持续增高就要注意肝癌的发生。
3）生殖细胞肿瘤：睾丸癌、卵巢癌、恶新畸胎瘤等；
4）消化系统肿瘤：比如胃癌、胰腺癌、结肠癌等。
尽管临床将AFP用于诊断HCC本身存在问题，但它已成为一个重要的预后指标，尤其是对于行肝切除术和考虑行肝脏移植的患者。不论肿瘤大小如何，AFP水平>1000μg/L的患者在肝脏移植后复发的风险极高。
