奕可以说是清朝末年一个最复杂的人物，他的晚年可以说和年轻时候截然相反，成为了一个老练的政客。
在第四次遭到罢黜、做了十年的闲散亲王之后，奕早已失去年轻时候积极进取的心态，呈现出一副老态龙钟、经神萎靡的样子，他之所以这样做，是因为他这时已经亡妻丧子，朋友也日渐凋零；另一方面则是他和慈禧太后之间的关系一直不能好转。
而在国事方面，建立了海军修了铁路，年轻的光绪皇帝又好胜心切，在海军衙门连接几年没有购买大型船舰甚至连炮都没买几门的请况下，让李鸿章和日本开战，结果遭到甲午战争中的一败涂地。
甲午战争的惨败，使得奕再一次被起用，这是不得已而为之的。当时面对甲午危局，想到当年恭亲王主政时的景象，朝中让恭亲王复出的呼声越来越高。慈禧太后见状也就顺坡下驴，让他重新复出。其实慈禧对奕的嫌恶并没有完全消除，因此给予奕的权力不多。而另一方面，光绪皇帝则认为一旦奕被重新起用，那么自己的亲政之路有多坎坷了——可是正值风雨飘摇之际，朝臣们都认为应该上下一心，而不是防范奕这样的老政治家，因此多位朝臣请求让奕领导军机处，遭到慈禧太后的拒绝。
关于奕的复出，翁同龢在日记中记载，光绪二十年（1894年）八月二十四日“与李公合词吁请派恭亲王差使，上执意不回，虽不甚怒，而词气决绝，凡数十言，皆如水沃石。”后来慈禧决定让恭王复出，许宝蘅披露了奕复出的一些细节：当年九月，“恭忠亲王之再起也，先日，礼亲王世铎与孙毓汶、翁同龢、李鸿藻、徐用仪、刚毅同诣邸请谒，王辞以病，拒不见。礼王等于次日奏闻孝钦，乃遣李连英往问疾，王不能拒。连英先传太后闻王病，并述平时殷念之旨，又问王之饮食起居，琐屑备至。言次，渐及时局之艰难与两宫之忧劳，又言及枢廷辅佐之无能，远不如甲申以前，王大为感动。然后，连英又述慈圣待见之殷。王遂谓：吾明日当挟病入觐，连英即叩头谢曰：王爷如此，实为国家之福！即当归奏以慰慈意。于是次日入见，遂奉枢直之旨。退下，即至直庐。礼王迎见，跪安，称‘请老爷安’。王曰：汝如何亦称我老爷？又曰：汝在军机如许年，何以弄得如此之糟？礼邸及诸公皆噤不敢声。”
慈禧在这件事上弄得让奕再度出山好像是自己的恩惠，她甚至表示“枢廷辅佐之无能，远不如甲申以前”，间接为当年中法战争时甲申易枢道了歉，奕自然会“大为感动”。再度回到军机之后，见到世铎，一通痛骂：“何以弄得如此之糟？”虽然是指责他们办事不力，但也是一吐胸中郁积十年的怨气。
奕当然明白，慈禧不过是想利用他的影响进行外交上的联络工作，京城一些嘴里喊着主战的官员暗地里却将家眷送往别的地方，而当时北洋舰队的主力已经被打沉了四艘，根本不可能再战，因此奕认为，执政大臣应该以实际的利益为重，因此接受了英国的条件，放弃半岛，向日本赔款，当然这也是慈禧太后的意思。
当年正值慈禧太后的生日，而在九月二十八日，清军在鸭绿江防线的五万多人全线溃败，形势已经非常危急，可是军机首席礼亲王世铎却还在商量太后庆典的事，次月初四，慈禧接受了庆亲王奕劻的提议，委派奕督办军务处，奕便得到了军事和外交的最高指挥权，但是还不是决策权。初六，上谕授翁同龢与李鸿藻为军机大臣，而奕不是，可见这时奕还不算是执政大臣，但奕仍然打算为国负责，将国家从战争状态解TUO出来。
从醇亲王选定现在的枢臣以来，整个集团可谓千疮百孔，醇亲王何以有这样大的权力呢？因为他是慈禧的妹夫，因为他们的胡作非为，才让日本人认为可以与中国一战，导致了甲午的战败，现在奕所要做的，就是保证大清王朝的苟安。
从当时的条件来看，仗还是可以一打的，但是大清打不起，奉天是清朝的龙兴之地，列祖列宗的陵寝以及沈阳的故宫是清政府必须要保住的，他们不可能让军队在这里厮杀，另一个方面，他们也不想迁都作战，以避免可能出现的农民起义，因此对于奕来说，最重要的就是要保住皇室。这种思想就让奕将以全部的经力去寻求外交解决的途径，即使割地赔款也在所不惜。
于是奕请求各国会谈出面调停，过了一阵子，日本政府又说同意直接和中国谈判，遭到光绪帝的怀疑，认为日本是缓兵之计，最后果然被光绪帝料中，日本不久占领了旅顺，可是面对这种请况，朝廷上下竟没有一样对策。
慈禧太后则认为，国家到了这个地步，都是光绪帝被主战派蛊或了的缘故，她首先将光绪帝的爱妃珍妃和她的姐姐瑾妃降为贵人。之后召见奕，奕报告美国使臣的消息，说日本不愿美国调停了，这让慈禧太后决定越过光绪，直接让奕进入军机处，并且位列礼亲王之上，然后派人去日本求和。
奕上位之后，贯彻了他的一贯主张，即“能战而后能和”，采纳军务处的主张，让湘军代替淮军作战，让湘军去山海关援助宋庆，再说服刘坤一坐镇山海关，并催促谈判代表速行，最后让张荫桓和邵友濂为全权代表，两人直到次年才到达日本，结果日本方面以全权代表不符国际规则为由驱逐，希望能和李鸿章或者奕直接谈判。
这时候的奕经力已经大不如前。据外国人的观察，这时候的奕已经耳聋眼花，脚步蹒跚。从当值记录看，他复出之后屡次请病假，显然身体状况不佳。而在慈禧面前，他也没有一点重臣的气魄。在这种请况下，李鸿章便需要出面了。
李鸿章在这年正月，被任命为头等钦差全权大臣，李鸿章表示日本可能一要割地，二要赔款，李鸿章说各地的责任不敢承担，但估计日本将要全额赔款，翁同龢是管户部的，表示只要不割地，赔款他会想办法，后来李鸿章去各国使馆活动，除了得到一些同请之外，别无他物，并告诉李鸿章，日本一定会要求割地，李鸿章将此事报告给慈禧，慈禧竟大发脾气，说都是光绪皇帝的问题。
这时光绪皇帝和奕都没有办法了，只好给了李鸿章割地赔款的权力，并为李鸿章开TUO罪责，而此时，日军已经占领了广大的辽南地区，海军则攻占澎湖列岛。三月李鸿章到达日本马关，二十三日签订《中日马关条约》，消息一出，舆论哗然，奕认为中国无力再战，因此要促成这条约，不过他仍想利用国际矛盾，争取挽回部分损失，果然俄国愿意干涉，下层士大夫以康有为为代表，发起了“公车上书”，张之洞等人则说要联合英国对抗日本，奕面对这种请况，面见光绪皇帝，表示其实已经不可再战，张之洞等人的说法不过是幻想，只有争取国际同请稍事补救罢了。
李鸿章回国后因为害怕受到指责而不敢进京，奕则去信让他进京，以防和局被有心人破坏，日本在多方干涉下，放弃对辽东半岛的领土要求，具体的对日谈判，奕依靠的还是李鸿章。到这时奕在意志上早已不是过去那个人了，他现在不过是想要保持现状罢了。
甲午战后，大清早就失去了争雄的资格，天下已经是帝国主义的天下，他们纷纷加紧了对中国的侵略，如俄国就发表照会说，俄国政府希望能在满洲地方兴建铁路。当时光绪皇帝对和俄国签订条约是很勉强的，但奕却促成李鸿章下定决心签约，但是当李鸿章把《中俄密约》的要点电告回国的时候，光绪帝召见众臣相商，奕却去看剧而不到场，究其原因，奕知道这《中俄密约》的严重新，深怕传扬出去会被后世唾骂，因此避之唯恐不及——这时的奕已经是个老谋深算的政客，早已不是致自己的声名于度外的那个恭亲王了。在甲午之时的一件小事就很能说明这个问题。一天，众枢臣在军机处商量文稿，有宦官来通知他们，慈禧要召见。孙毓汶当时正在起稿，便请恭亲王出面表示稍停就去，但是就连这么点小事恭亲王都不敢做，连连摇手说：“我无此胆量。”这时候的奕早已不是当年那位敢于顶撞嫂子的六爷了。到了维新一派要求变革之时，他也早已将经力放在了维护皇权上，虽然支持变法，但对康梁等人的机进并不以为然。
光绪二十四年（1898年）5月29日，恭亲王奕结束了他极其矛盾的一生。
