清朝雍正年间，在云贵地区大规模推行改土归流，减少了大约80个土司。但是，历史上的发展并不是一帆风顺的，如果改土归流完全能够和平地进行，那就不能拖到清朝才大规模推动了。由于清朝的改土归流规模大，引起了西南诸多土司的反抗，清朝便以武力平定，其中比较出名就有大小金川之战、苗疆之疆、瞻对之战等。而苗疆之战，则是清朝在改土归流中进行了最典型的战争。
一，改土归流和和苗疆的开辟
改土归流在贵州一带遇到的阻力是最大的，这和贵州的特殊地理环境、历史传统和民族成分有关。在地理环境上，贵州沟壑纵横，交通不便，中原王朝自古以来就是鞭长莫及。而贵州的民族成分非常复杂，除了苗族之外，还有大量的侗族、彝族等。
早在明朝时期，为了削弱贵州的土司，发动了“思州之战”“播州之役”和“水东之役”，消灭了贵州高原上的三大土司。到清初，又消灭了水西土司，使得贵州的四大土司都成为了历史。然而，改土归流在“苗疆”推进时，却遇到了前所未有的阻力。
元朝时期的贵州土司分布
贵州是遏制西南的战略要地，云贵总督鄂尔泰曾说“黔治则有与之俱治者，黔乱则有与之俱乱”“若不改土归流，三省交接皆受其扰”。因此，雍正帝对贵州的改土归流非常坚决，不惜用重兵。
清朝将贵州新开辟出来的土地称之为“苗疆”，或者“新疆”。从雍正六年到雍正十一年，清军大举进攻苗岭“化外生苗”地区，最终设立了古州、台拱、清江、都江、丹江、八寨六厅，合称“新疆六厅”。新开辟的土地规模非常大，“辟地二三千里，几当贵州全省之半”。贵州是清朝在“改土归流”中投入兵力最多，战斗最机烈的地区。此后，清朝在黔东南驻扎了6000人，后来增加到了15000人。
然而，改土归流破坏了当地苗族土司的利益，他们不愿意放弃自古以来的特权，因而蠢蠢衣动。而清朝在苗疆的治理也出现了一些问题，例如勒令“夷人”放弃祖传的服装发式，加重赋税，土地兼并，加重社会矛盾。因此，苗乱就在复杂的社会背景下爆发了。
二，平定古州苗乱：改土归流不可逆转
1734年，贵州黎平人包利在古州以“苗王出世”号召苗民反清。第二年，官吏滥征钱粮，古州地区的八妹、高表等寨苗民蜂拥而起，聚众2万余人。古州总兵研勋率兵镇压，苗民大败。于是包利又转移到台江，队伍得以发展壮大。
随后，贵州巡抚元展成、提督哈元生等下令古州、清江（剑河）的几百清军前往镇压。然而，苗民反而包围了台拱番招坉汛城。于是元展成调集5000人去解围，结果在半路被苗民包围。之后，苗民攻占了凯里、黄平、余庆等地，向镇远、思州等府推进。
苗王庙
事态发生后，雍正帝立即调动6省2万余清军进入贵州平叛。然而，清军在贵州并未迅速平定叛乱，苗民趁机进攻清军空虚的营寨，叛乱范围涉及整个黔东南。在这个关键时候，雍正帝去世了，乾隆帝上台。这是乾隆面对的第一个挑战，他将平定苗乱作为当时最重要的事请，“苗疆用兵，乃目前第一要务。”
当时，朝廷的许多大臣攻击鄂尔泰，主张停止改土归流，甚至提出放弃“苗疆”，实际上雍正晚年也有放弃苗疆的想法。乾隆继位后，首先将主张放弃苗疆的大臣张照拿下，给他安上一个“假传圣旨”的大罪，说雍正帝“绝无放弃苗疆之意”。如此，朝廷大臣就不敢反对乾隆帝了。
苗人武士
随后，乾隆任用湖广总督张广泗为贵州巡抚，总理苗疆事务，并将元展成、董芳、哈元生等革职拿问。为了规范清军纪律，乾隆下令禁止清军滥杀，提倡以德济威，以争取民心。在平叛方略上，采取先安熟苗，后捣生苗，再惩熟苗，各个击破的战术。
当年十二月，张广泗在凯里兵分三路挺进苗疆，总兵力达到了1.2万人。三路清军以围攻的方式对清江发动了进攻。在清军的猛烈进攻下，苗民不断失利。清军在年底就攻破了几十个较大的苗寨，苗民死伤惨重。1736年三月，清军已经攻破了200座苗寨，包利被迫退守雷公山。
雷公山
雷公山盘亘数百里，是贵州四大名山之一，这里地势崎岖、森林密布。包利将雷公山的道路挖断，以图据守。张广泗则扼守各个路口，然而四面搜剿。到四月，包利被俘，苗民士气大落。五月，清军结束了雷公山之战。到九月，清军平定了整个苗疆。
平定苗乱后，乾隆下令“永除新疆苗赋”，以安定苗疆。除此，乾隆还规定“一切自相争讼之事，俱照苗例完结，不必绳以官法”，如此则为“以苗治苗”。对于派遣到苗疆的官吏，乾隆必定严加审核，一定要选择清官前往，以免机烈阶级矛盾。乾隆还在贵州推行屯田政策，大大减轻了苗民的负担。此后，苗疆平定了大约60年的时间。
三，钱嘉苗疆起义：盛世走向了结束
乾隆末期，吏治腐败，社会矛盾再次尖锐起来，全国各地开始爆发大大小小的民变，清朝的统治危机四起。在贵州和湖南交界的武陵山一带，由于官僚地主侵占土地太多，导致地方矛盾非常尖锐，例如湖南永绥厅最初“环城外寸地皆苗”，乾隆年间已“尽占为民地”，使得苗民失去了大量的土地。失去土地的苗民沦为了佃户，就需要承担更高的地租。在这样的请况下，当地就提出了“逐客民，复故地”的口号，试图恢复到改土归流之前的时代。
贵州松桃苗王城
1795年，乾隆六十年正月初四日，松桃石柳邓、永绥石三保、凤凰吴陇登和吴天半、乾州吴八月等秘密集会。约定在二月初六起义。然而消息走漏，石柳邓被迫提前起义，直接带领苗民围攻松桃厅正大营，随后武陵山一带的苗民蜂起响应，苗疆大震。此次苗乱，也是一次农民起义，其新质和之前的古州苗乱有了很大的区别，因此可以称之为“义军”。
二月，乾隆立即调遣云贵总督福康安、湖广总督福宁等带兵出征，又下令四川总督带兵阻挡义军挺进湖北和其他地方的义军会合。三月，福康安调集湘、黔、川、滇四省2万军队开进武陵山。石柳邓利用武陵山的地形与清军周旋，打游击战，所谓“官有万兵，我有万山；其来我去，其去我来”。
清军则四面围剿，石柳邓部腹背受敌，被迫带领主力进入湖南，和石三保会师。随后，福宁带领6000军队进入湖南围剿，但是遭到了苗民阻击，全军覆没。这年八月，各地义军在乾州建立政权，以吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军，开始大规模发动进攻。
福康安面对义军咄咄B人的气势，采取了“设法离间，用计解散”的方案。他将立场不稳定的吴陇登作为拉拢对象，吴陇登暗中投降清朝。十月，他将吴八月缚送福康安军营，许多义军首领也相继降清，于是苗民起义转入了低潮。
1796年，名将福康安去世，但是清军的四川、湖南、陕西爆发了农民起义，清军兵力被分散，石柳邓于是辅立吴廷义为吴王。然而不久，石三保被俘，石柳邓被迫撤离乾州，转移到平陇。九月，清军统帅额勒登保兵分四路，进攻平陇，经过3个月的机战，最终攻克平陇，于是苗疆之乱暂时被平定，吴廷义被俘，清军主力开始调到他省。
当年，清朝出台了“善后六条”，提出“民地归民，苗地归苗，尽罢旧设营汛，分授降苗官弁羁縻之”，以缓解苗疆的矛盾。然而清朝地方官员并未认为执行“善后六条”，使得小规模的苗乱依然存在。为此，清朝推行“屯田养勇，设卡防苗”的政策，在苗疆险要处大规模建设碉堡，对苗疆进行切割。
此后，苗乱虽然时有发生，但是规模远不及之前。1806年，永绥厅苗民石宗四率数千人起义，被清军击败，损失2000多人。至此，武陵山一带的起义彻底平定了。
古州苗乱和乾嘉苗民起义的平定，证明了历史总要向前进，不可能倒回到之前的时代了。清朝平定苗疆，有利于地区的安定，稳定了社会秩序。但是，两次苗乱也反映了清朝在苗疆的治理上存在诸多的问题，这就导致社会矛盾较为尖锐，这些都是清朝应该去反思的地方。然而，乾隆去世，清朝由盛转衰，清朝的战争机器也停下来了，三千年未有之大变局正在到来，一切都变了。
