1949年12月23日，蒋介石联系不上胡宗南，他一度以为这个学生是不是被俘或“成仁”了。24日，保密局局长MAO人凤向蒋介石报告，称胡宗南已经乘飞机逃到了海南三亚。蒋介石对胡宗南不经请示而擅自TUO离部队的行为大为光火，立即派参谋总长顾祝同到三亚对胡宗南进行“查办”。
原来，西昌是胡宗南早就考虑到的退避之地，当解放军兵临成都之时，胡宗南为了逃命，没有按照蒋介石的指示“率部突围”，而是带着几个亲信乘飞机逃走，原拟直飞西昌，后因气候不佳，便改飞到海南岛的三亚。由于惊魂未定，一时间与蒋介石断了联系。
顾祝同到海南后，向胡宗南说明了来意，胡宗南一听，顿时吓傻了眼，连忙向顾祝同解释飞海南的原因。
顾祝同说：“西昌大雨，飞机不能降落，为什么不能到附近机场降落，而要飞到海南三亚呢？离开大陆，又不请示，谁能不认为你是逃TUO？别说总裁是这样想，就连你手下的几十万大军不也都这样想吗？你一走，军心浮动，第二天裴昌会就率部反水，这难道不是你的责任？蒋总裁能不生气？”
胡宗南越听越害怕，哀求顾祝同为其向蒋介石说请。顾祝同毕竟还有西南军政长官的身份（胡宗南是副长官兼参谋长），所以便给蒋介石回电：“琴斋（胡宗南原名胡琴斋）飞抵海南，并非初衷。皆因西昌连日暴雨，周围机场非雨即雾，无法降落，才临时决定改飞三亚，并无逃TUO之意。琴斋不失对总裁的初衷，愿即返西昌，立功赎罪。”
与此同时，胡宗南也立即派他的参谋长罗列前往台北，向蒋介石进行解释。
无人可用的蒋介石打消了“严办”胡宗南的念头，提笔给胡宗南写道：“顾总长来电及罗参谋长来台面报军请，日来忧患，为之尽息。此时大陆局势于西昌一点，而此仅存一点，其得失安危全在吾弟一人之身，能否不顾一切，单刀前往，坐镇其间，挽回颓势，速行必成是所切盼！”
见到蒋介石的信后，胡宗南不敢怠慢，于12月28日飞赴西昌。
蒋介石在胡宗南到达西昌的第二天，又发给她一个“十万火急”的电令，交代了两个任务：一是固守西昌三个月，以观局势变化；二是收拾川西突围的部队，加以整编，保卫西南大陆。
1950年1月1日，国民党军西南军政长官公署在西昌重新挂牌，胡宗南被任命为代长官，西昌警备总司令部总司令贺国光被任命为西康省主席。
胡宗南上任后，以第127军第310师残部守康定，以第27军第135师残部守沪定，以第335师一个团及第69军残部守富林（今汉源县），以第124军残部及第2军第76师守会理，阻止解放军进入西昌地区，同时扩大地方武装，“待机反攻”。就这样，国民党军以西昌为核心，在南起金沙江北岸、北至康定及大渡河东岸地区形成了一定气候。
1950年1月下旬，蒋经国奉蒋介石之命飞抵西昌，为胡宗南打气，到西昌后，蒋经国向西昌的军政大员许诺：西昌所需武器弹要均由台湾运送，西昌供给每天也由台湾空运。临别时，蒋经国对胡宗南说：“琴斋兄，你是总裁的得意门生，就靠你独撑西南大厦了。”
为了拔除国民党军在西南地区的最后一个据点，解放军西南军区首长于3月3日决定：以解放军第14、15、62军各一部，配属边纵一部，进行西昌战役。
具体部署为：以解放军第62军第184师由川西经富林、冕宁南下，以第15军第44师由巧家北上，南北夹击，于4月10日前攻占西昌；与此同时，为防止国民党军向西逃窜，第14军第119、124团与边纵第7支队之第34、35团由禄丰、宾川北上，前行堵击。
鉴于请势危急，胡宗南向蒋介石频频发电，请求对策。3月25日，蒋介石致电胡宗南：“如西昌不能不放弃，吾弟是否仍将领导各部队行游击作战，继续斗争，否则弟离部队后，何人可代为领导，速告知。”
次日，胡宗南复电蒋介石：“为简化机构，减少目标，便于机动起见，遵于此间留置简单机构，由参谋长罗列负责领导，职率非战斗人员拟于本月26日飞琼转台。”
胡宗南把挑子撂给罗列后，于3月27日清晨，再次抛下部队，与贺国光等人乘飞机逃跑。胡宗南的飞机起飞几个小时后，解放军第44师攻入西昌，守军一部被歼，大部逃窜。
28日，西南军区命令各参战部队切实掌握溃散之国民党军的动向，适时追歼；同时命令位于滇东北的第15军第43师派兵一部配合作战。
解放军第62军第184师于28日进占冕宁后，又于4月1日在机窑沟地区全歼国民党军第1军第2团残部及西昌警备司令部警备团.国民党军第69军、第335师等残部走投无路，向越西小相岭附近逃跑，第184师跟踪追击，至4月5日歼其大部。西昌战役中，解放军经过一个多月作战，共歼灭国民党军1万余人。
胡宗南逃到台湾后，45名“监察委员”联名弹劾胡宗南，历数了他在西北、四川的一连串败绩，对胡宗南是一片喊杀之声。在蒋介石的庇护下，胡宗南得以躲过惩罚，但他也至此失去蒋介石的信任，此后再未获得重用。
