在促进良种繁育建设的同时，他更加注重新型经营主体的培育，引导良种企业走市场化、品牌化发展路子，建立科学严谨的种子繁育加工制度，大力实施合同式、订单式良种繁育模式，使灵台县冬小麦良种保持了优质的地域特SE和优秀的种质特SE。
目前县域良种企业已经与陕西、甘肃、宁夏和陇东各县区建立了稳定的销售网络，极大地拓宽了灵台县广大农民群众的增收空间。
做基层推广服务的提升者
农业科技是加快现代农业发展的核心关键。如何打通农技推广服务的“最后一公里”，关键在基层，核心在机制。近年来，马建科边实践边探索，通过全过程、全区域、全链条、全环节绿SE高质高效创建带动，推动县域基层农技推广工作实现了全面创新。
在推广方式上实现了“四个结合”，即坚持点、片、面与试验、示范、推广相结合的办点原则，农机农艺结合的生产手段，引进与自主研发相结合的创新方式，成果展示与观摩交流相结合的示范带动模式。通过带着群众干、干给群众看，在科技实践中提升了专业素质，使全县新技术应用率达到了98%。
在运行机制上建立了由领导专家协同指导的管理机制、技术总负责全程技术落实的包抓机制、高中级技术人员负责试验示范的研究机制、一般技术人员驻点包抓示范区的考核机制、技术培训指导贯穿全程的积分管理机制，实现了耕、种、管、收全过程一体化、机械化推进，提升了建设规模和质量档次。
在推广模式上实现了“三大变革”，由过去农技部门的“单打独斗”变为“推广部门+企业（合作社）+基地+农户”的融合发展，由简单的“望闻问切”说教式推广变为“科研单位+推广部门+试验示范基地”的创新实践，由较低层次技术指导变为“专家+试验示范点+农技人员+科技示范户+辐色带动户”的发展模式。通过汇聚多方力量，发展订单种植，先后与云翔面业、陇南酒业签订绿SE生产订单5万吨，指导建立新型农业经营主体20家，科技示范户1000户，年服务规模达到12万亩，为基层农技推广工作高质量发展提供了样板。2022年，灵台县农业技术推广中心被全国农机中心认定为“全国基层五星级农技推广机构”。
