明朝灭亡之后，满清入关，一部分锦衣卫选择了投奔南明。在他们看来，小朝廷的皇帝也姓朱，想要继续当锦衣卫，自己完全可以投奔朝廷。这些锦衣卫的想法是非常符合现实的，因为弘光、永历等南明皇帝，依然在自己管辖的范围内，沿用了明朝的锦衣卫制度。
然而，在大多数请况下，这些投靠南明的锦衣卫，往往并不会得到公平的待遇。根据《明季南略》记载，对于归附的锦衣卫，南明小朝廷的甄别十分严格，想要在南明继续做锦衣卫，一定要把自己为什么从北方到南明、怎么从北方到南明等问题交代得十分清楚。除了甄别十分严格之外，有时候锦衣卫们还要遭遇大臣们的攻击。根据南明的相关史料记载，南明礼科袁彭年就曾经向弘光帝谏言，取消南明的厂卫。虽然袁彭年的谏言被弘光帝拒绝，但是我们可以发现，即便是在一个小朝廷之中，锦衣卫们还是逃不过斗争。
南明彻底走向灭亡之后，曾经活跃在南明的锦衣卫也失去了踪迹。因为资料的残缺，许多锦衣卫的结局都是不知所踪。可能是隐居了，可能是剃发了，也可能是病死了，可能成为了普通百姓。当然，以锦衣卫的手段，他们要想活下去，还是比较轻松的。
3、俯首帖耳，走向满清工作岗位
面对着李自成的进攻和崇祯帝的去世，一部分锦衣卫悲惨地走向了死亡，一部分锦衣卫选择了南明。而在这些锦衣卫之外，还有一部分锦衣卫，他们觉得，既然姓爱新觉罗的皇帝掌控了天下，那自己也没必要坚持什么节草了，毕竟“良禽择木而栖”。
