然而，即便锦衣卫们再怎样努力，悲剧还是发生了。煤山之上，皇帝无助地选择了自尽。全国各地，锦衣卫们选择了用自己的方式反抗起义军。面对着前来攻打崇文门和宣武门的起义军，锦衣卫指挥同知李若琏、千户高文采选择了继续坚守。城破之后，李若琏留下绝命词，决绝地将白绫挂在高处，上吊自杀。高文采更是刚烈，看着即将到来的乱兵，他直接带着全家十七口人集体自杀。
根据《明史》等资料统计，死于李自成攻陷北京之后的锦衣卫甚多，除了自尽身亡的，更多的还是死在乱兵的折磨之下。根据相关史料记载，在刘宗敏等人的折磨下，都指挥以上、锦衣堂上官，大部分都没有逃过死亡的结局。镇抚司的梁清宏被抓住之后，李自成的起义军从早到晚折磨。当起义军们决定不再折磨后，梁清宏刚刚放下行刑架，就没了新命。
除了死于自尽、折磨与屠杀之外，一些锦衣卫还会选择战死沙场。面对清军的进攻，锦衣卫郑广英没有惧怕，而是继续为南明而战，最后纷纷为了大明而捐躯生命。
2、苟全新命，投奔新的明朝
在许多锦衣卫死去的同时，另外一部分锦衣卫选择了活着。他们没有被战乱杀死，也没有选择自尽。作为锦衣卫，他们对自己的身份有着清醒的认识，那就是：自己只是一个执行者而已。崇祯帝死了，明朝也亡了，但是皇帝应该还是会有的，只要有皇帝，那自己就还有工作，还能混口饭吃。
