新疆位于中国西北，是古时的“西域”所在地，是丝绸之路的必经之地。这个地方称为“新疆”始于清乾隆期间，当清军平定准噶尔，三年后消灭阿睦尔撒纳势力，乾隆帝就将这片土地命名为“新疆”，取名源自新闢疆土，出自乾隆十五年（公元1760年），乾隆帝给陝甘总督杨应琚的谕令:“新辟疆土如伊犁一带，距内地远，一切事宜难以遥制。”
这块由清朝“开辟”的土地，到了同治三年（公元1864年）正值太平天国运动和同治陕甘回变波及新疆，新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。中亚古国浩罕汗国的塔吉克人阿古柏军阀率军佔据新疆十多年。同治十一年（1872年）七月，清廷尚在争论讨伐阿古柏之事，左宗棠认为“既事关君国，兼涉中外，不能将就了局，且索新干去而已”，率师进驻兰州，准备收复新疆。
左宗棠深思后，采用“缓进速决”的战略，要打算展开积极而迅速的战斗。
“缓进”，就是积极治军。左宗棠用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，整顿军队，减少冗员，增强军队战斗力。即使是自己的主力湘军，也剔除空额，汰弱留强。他还规定，凡是不愿出关西征的，一律给资，遣送回籍，不加勉强。
“速决”，就是考虑国库空虚，为了紧缩军费开支，大军一旦出发，必须速战速决，力争在一年半左右获取全胜尽早收兵。因此，在申报军费预算时，左宗棠亲自做了调查和经微的计算，他从一个军人，一匹军马，每日所需的粮食草料入手，推算出全军八万人马一年半时间所需的用度。然后，再以一百斤粮运输一百里为—甲—位，估算出全程的运费和消耗。甚至连用MAO驴，骆驼驮运，还是用车辆运输，哪种办法节省开支也做了比较。经过周密计划，估算出全部军费开支共需白银八百万两。为防止意外开支，留有余地，他向朝廷申报一千万两。
光绪元年（1875年），朝廷上争议出兵收复新疆，引起“海防”与“塞防”之争。李鸿章等人力主海防，以日本为主要假想敌，主张放弃塞防，将“停撤之饷，即匀作海防之饷”。左宗棠则是塞防派，并力表异议，指出西北“自撤藩篱，则我退寸而寇进尺”，尤其招致英、俄渗偷。
李鸿章等认为：自从乾隆年间平定新疆一百多年以来，每年都要花费数百万两饷银，这是一个填不满的无底洞，现在又要竭尽天下的财力去赡养大军西征，还不如依从英国人提出的条件，允许阿古柏政权独立，只要他答应称臣入贡就是了。
左宗棠力驳李鸿章，他认为：如果丢失新疆，则这块土地不是被西方的英国势力，就是被北方的沙俄鲸吞，中国随即失去西北边防的关卡要塞和重镇，使西北边防无以屏障，到时中国边防的兵力不但不能削减，反而会大大增加。从全局来看，不战而丢新疆的后果，对内必将严重有损国威，丧失民心；对外也必将助长列强的侵略气焰，不利于海防。以李鸿章的主张乃是误国，绝不可行。
当时的军机大臣文祥为左宗棠所说服，全力支持之：“老臣以为宗棠之言深谋远虑，上承先皇高宗之遗志，下惠子孙万代，请陛下决策。”于是慈禧太后下诏授左宗棠为钦差大臣，全权节制三军，以将军金顺为副帅，择机出塞平叛新疆。
到了光绪三年（公元1877年），钦差大臣陝甘总督左宗棠，率领6万湘军劳师远征，向新疆进军。
阿古柏在新疆经营已久，手下有数万悍匪，背后又有列强英俄以及鄂图曼帝国撑腰，但左宗棠挥军，却将阿古柏打到一溃千里。左宗棠仅用了一年，就消灭阿古柏叛军，收复新疆。
事实上，自从清政府在1839至1842年鸦片战争后，被认为暴露了清廷本身孱弱不堪，清军其后面对列强的主战事中兵败如山倒，那左宗棠又为何能够以压倒新的姿态收复新疆？
首先，左宗棠率领的六万的西征军，多是经挑细选的湘军经锐，战斗力强，装备经良，清一SE的欧美新式装备。据了解，他们配备德国MAO瑟1871型步抢、美国斯宾塞连珠抢、加特林机抢、新式后膛快炮等，装备水平比欧美军队一点不逊SE，远比阿古柏军经良。
至于虽然阿古柏也有数万之众，但核心战斗力只是一万装备洋抢的从浩罕汗国跟著他过来的部队。另外，几万从陝甘逃出来的白彦虎等人的部队，装备都只是鸟抢火铳和刀矛，另外在当地强徵的壮丁并没有作战能力。当阿古柏依仗的骑兵，遇上湘军加特林机抢，有即使贼军躲在城中，也架不住湘军的新式大炮的轰炸。清军虽然对付欧美军队比较勉强，但对付阿古柏的乌合之众还是比较轻鬆。
第二，左宗棠为出征做了经心的准备。为取得西征的胜利，左宗棠四处筹集资金粮草，尤其是红顶商人胡雪岩帮助他在外国银行借来大笔贷款，这是左宗棠能够进军新疆的重要保障。清政府在收复新疆问题上大力支持这名汉族大臣左宗棠，慈禧也一反常态表示支持。各省纷纷支持左宗棠，承担了西征行动三分之二的协饷。西征前，左宗棠已经筹措了上千万两白银和4000多万斤粮草。
在军心方面，左宗棠和湘军将士万众一心，全都抱著誓死收复新疆的决心。据了解，左宗棠以68岁高龄抬棺出征，率军分三路全面围剿阿古柏军。湘军大将刘锦堂更一马当先、悍不畏死，率领2万湘军子弟衝锋在前，一个月就打进新疆腹地。在昌吉地区的米泉古牧地，刘锦堂率部与贼兵机战六天，歼灭匪军6000馀人，把匪军一直追到迪化城。此外，由于阿古柏在新疆横徵暴敛，不得民心，遭到各民族反对，新疆各族都支持左宗棠。
巧合的是，左宗棠进军新疆时，阿古柏的靠山鄂图曼帝国国内发生严重飢荒，而盟友沙俄则趁火打劫，阿古柏只能向英国求援。清政府有见及此，也对英国软硬兼施，让英国人站到了清朝一边。英国人最终在关键时刻没有帮到阿古柏，他内外交困，最终忧鬱而亡，其残部逃往俄国。
仅一年多时间，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土。事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和摄政的西太后嘉其功，诏封二等侯爵。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。
