刘裕出身寒微，却能在乱世中加入东晋北府兵，得以大展宏图。在平定五斗米道的孙恩叛乱中，刘裕率先依靠主角光环，毫不留请地开挂赢得首战胜利，也成为了北府兵大佬刘牢之最为得力的干将。
北府兵一鼓作气击败孙恩的起义军，孙恩败退到海岛之上。仅过一年，孙恩卷土重来，进犯三吴重镇会稽，出身王谢大族的重臣谢琰轻敌被杀，朝野再度震动。当年十一月，刘牢之率领北府兵再次东征，派刘裕戍守句章城。由于句章城矮小，不足以依城固守，士兵又少得可怜，仅有数百名，于是刘裕常常要亲自披坚执锐，身先士卒，打得起义军连连败退。孙恩简直要患上“刘裕恐惧症”了，只得掉转矛头向北进攻，先离开刘裕这尊瘟神再说。
刘裕则厚着脸皮悄悄率兵尾随，并挑选数百人组成敢死队，都TUO掉盔甲，手持短兵，击鼓呐喊冲杀敌阵。起义军惊恐不已，士气大丧，大帅姚盛被阵斩。于是孙恩再度逃回海上，之后的剧请出奇一致，孙恩只要上岸劫掠，刘裕就能站出来把他怼回海里，最后，反派孙恩也烦了，不演了，不管咋样就是打不过呗，那就跳海自尽，仅存的那点部众由妹夫卢循带领，在海上等待时机。
东晋朝廷并没有因为孙恩的自杀转危为安，相反，一石机起千层浪，孙恩之乱把东晋暗藏在漩涡之下的政治斗争引到了台面上。简而言之，东晋朝廷的核心力量即三吴地区被孙恩严重破坏，致使镇守荆州的大军阀桓氏一族感觉到了力量天平的倾斜，桓氏一族产生了改朝换代的念想。
自五胡乱华开启东晋十六国之世起，衣冠南渡，东晋迁都到位于长江下游的建康城，那么如何抵挡住胡人的入侵就成为了东晋朝廷首要面对的难题。一方面，自古以来守江必守淮；另一方面，守住长江下游就必然要防止敌方顺江而下，于是位于建康城上游的荆州就成为了屯兵重镇。若有大将驻守荆州，则南方朝廷的大门上就多了一道重锁，但若有野心家驻守荆州，则南方朝廷得草碎了心，时刻防范变故生于肘腋之下。不巧，桓氏家族的当家人是权力衣极盛的桓玄，他老爹桓温更是一代枭雄，早有谋朝篡位的不臣之心，但因其北伐失败，梦断枋头，失去了和朝廷叫板篡位的资本，最后郁郁而终。现在，趁着朝廷内部实力大损，桓玄燃了起来，立志要完成老爹的未竟大业，这一年桓玄三十三岁，正值壮年。
荆州的桓玄和掌握朝政的皇室成员司马元显公开叫板，双方各自带领大军，互相指认对方是逆贼，准备一战打出东晋朝堂的话事人。虽然桓玄的荆州大军人多势众，占据优势，但东晋朝廷拥有北府经兵，所以胜负仍未可知，也可以说，东晋的命运掌握在北府兵大佬刘牢之的手中，刘牢之选择谁，谁就能拥有天下经锐北府兵，谁的赢面就大。
但叱咤风云，英雄一世的刘牢之在这个节骨眼上犯了致命的错误，他犹豫了。公元402年，刘牢之率北府兵到达溧州，遭遇桓玄的荆州大军。刘裕请求发起攻击，刘牢之却不置可否。要说北伐打胡人，刘牢之没得说，谁主持北伐，刘牢之就听谁的，干胡人没那么多弯弯绕，但是东晋朝廷的内部斗争往往涉及利益再分配的根本问题，刘牢之作为北府兵领袖，他也是牌桌上面打牌的人，所以在出牌时需要考虑更多“未来”，以此谋求最大的利益攫取可能。
说白了，打胡人，赢了分钱，输了快跑，很简单；打自己人，你要站队，而且必须站队，跑是不可能跑的，站队正确，升官发财，站队失败，一无所有。
谁让你是牌桌上面出牌吃肉的人呢？
这次刘牢之经过“深思熟虑”，决定保险起见，选择站队更强大的桓玄。他让儿子刘敬宣到桓玄那里求和，以出卖朝廷的条件搞利益交换。这一举措遭到麾下大将刘裕与外甥何无忌的联袂劝谏，但刘牢之不听，他只是以为他在为北府兵谋取更大的利益而已。
在北府兵的倒戈下，桓玄当即大败东晋朝廷军队，攻入建康城，杀死掌权者司马元显，挟天子，逐步进行篡位程序。刘牢之绝对没想到，桓玄想要做的不是一个权臣，而是皇帝！这倒不是说刘牢之对晋朝有多么忠诚，刘牢之到底忠诚与否并不重要，桓玄感觉他是否忠诚才最重要。如果桓玄只想做权臣，那么他必然会依仗刘牢之；桓玄如果想做皇帝，那么名将刘牢之掌握着北府经兵这一事，就必然让正在篡位的桓玄坐立不安，因为权臣是灰SE身份，而皇帝就是明牌玩儿了，对应的立场与选择根本不是一码事。总之，桓玄无法相信刘牢之是否忠诚于晋朝，这才是关键点所在，也是刘牢之的催命符。在桓玄彻底霸占东晋大权之后，他毫不留请地收夺刘牢之的兵权。刘牢之一脸懵B，惧祸逃亡，最终在一座茅草屋里自缢而死，可怜一世名将落得身败名裂的悲惨下场。
刘裕则审时度势，自忖桓玄尚未明牌当皇帝，反对他就等于叛逆晋朝，所以只得暂时投靠桓玄，韬光养晦等待天时。由于刘裕军功卓著，在北府兵中颇有声望，故而桓玄也不敢小视他，任命他为中兵参军。这时，海贼王二代，孙恩的妹夫卢循带领着五斗米道信徒再度从海上攻入三吴地区，桓玄任命五斗米克星刘裕挂帅出征。公元403年，刘裕大败卢循于东阳，卢循逃往永嘉，再为刘裕追败，起义军大将张士道被阵斩。刘裕一路追亡逐北，卢循赶快发动海贼王特技--逃回海岛。
另一方面，篡位步骤即将完成的桓玄愈发倚重凯旋归来的刘裕，甚至派堂哥桓谦问他对古代君王禅让的看法。此时的刘裕也算是玩牌的人，对这种拙劣的哑谜一眼便能看穿，于是假惺惺地细数桓玄的功勋，表示：天命都把大运砸到你们老桓家啦，赶快谋朝篡位吧，求你们了。桓谦一听，好家伙，比我们桓家人还懂桓家，于是大喜过望，对刘裕说，刘大哥讲话理忒正，你说行那必然行。
当然，此时的桓谦肯定想不到，一年后踩着桓家尸山血海走上顶点的，正是面前这个看起来老实巴交的刘裕。
