希特勒在夺取国家政权的道路上，对政敌都是采取血腥镇压的方式，而党卫队正是他掌握的特务和军事组织。
为了更好地镇压纳粹党敌对势力，党卫队帝国长官希姆莱在达濠建立了德国的一个集中营，希特勒任命党卫队队长提西奥多·艾克为达豪集中营的指挥官。
这个艾克本是一个经神病患者，在担任队长期间，多次与人发生冲突，后来在经神病院治疗后才得以恢复职位。艾克向希姆莱提出请求，希望能组建一个由他掌握的集中营专职部门，这个建议得到采纳。于是艾克成立了一支在党卫队内部相对独立的警卫部队。
不过这队部队士兵的素质并不高，他们大多都是来自半文盲农民、矢野劳工和地痞流氓之中。这支警卫部队以骷髅作为队徽。在集中营里，艾克及手下的警卫部队对营里关押的囚犯肆意杀戮折磨。
1936年3月29日。他的警卫部队被命名为党卫队骷髅总队，总共约有3500人，这标志着骷髅师的前身骷髅总队正式成立。
1939年9月1日，德国入侵波兰，骷髅总队也随之参战。两个月的时间里，上万手无寸铁的波兰平民和联军俘虏死于骷髅师旗下，无数的房屋被毁于一旦，财物被洗劫一空。
1939年10月底，党卫队组建了三个师级单位的作战部队，即帝国师、警卫旗队师和骷髅师。
1942年2月，苏军出动23万红军，集结300多辆坦克和火炮1000多门，将德军12万人彻底包围在德米扬斯克地区。为了突围，骷髅师充当突围主力。
在突围阶段，骷髅师的士兵近乎疯狂，有的被炸断手腕仍继续战斗，有的打光子弹扑上去撕咬血肉，有的用人肉炸弹去轰炸坦克，还有的用刺刀发狂地拖着死去的敌人。这种不要命的战斗风格吓到了苏军，却没能挡住一个骷髅师。
直到十月，骷髅师成功打通了多个走廊，让大部分德军成功逃离了苏军的包围圈。在此期间，骷髅师为了清理出行军地段，驱逐并抢杀了大量平民，烧毁了许多房屋。
当时夜晚的气温低达零下50度，成千上万的人被活活冻死。战争结束后，骷髅师从两万人打得剩下6500人。
骷髅师从此成为了苏军的噩梦。后来在苏联部队里流传着一句话，没有多于骷髅师5倍的兵力，最好不要与其交手。
因为这场战役损失重大，骷髅师后撤至法国进行休整。
