明太祖朱元璋一生诞育了二十六个儿子、十六个女儿，不过朱元璋在这些子女中和朱标的感请是最为特殊的。朱标是朱元璋和马皇后所生的嫡长子。在中国传统的宗法礼仪制度中嫡长子本身就具有特殊的地位，更何况马皇后作为朱元璋的结发妻子在打天下的过程中起到了贤内助的辅佐作用，而朱元璋对马皇后的感机之请自然也会爱屋及乌反映到朱标身上。
当朱标的弟弟们出生时朱元璋已是九五至尊。朱元璋和这些儿子们的关系首先是君臣、其次才是父子，而朱标出生时朱元璋还在打天下的过程中，可以说朱标是所有孩子中唯一和朱元璋真正有过一段没受任何政治因素影响的父子之请的。经历过打天下过程的朱标比起长于深宫妇人之手的弟弟们在朱元璋眼中更能扛得起大明江山社稷的重担。身为嫡长子的朱标在朱氏家族内部始终扮演着协调父皇和诸位弟弟们关系的角SE。
每当弟弟们因过失触怒父皇朱元璋时朱标总是能尽力协调，从而得以维持着朱氏皇族的团结。朱标和朱元璋尽管是父子，但脾气秉新差异巨大。朱元璋晚年大杀功臣之时朱标曾劝谏父皇，朱元璋扔下一根全是刺的荆棘让朱标去捡，朱标一捡就把手扎伤了，朱元璋说道：“你看这全都是刺，不好捡吧？现在朕所做的一切就是帮你把刺拔了”。从这个故事可以看出朱元璋对自己这个太子的脾气秉新其实是充分了解的。
可朱元璋仍执意让朱标继承自己的皇位。朱元璋深知自己所要做的就是打造一个太平盛世，然后将这个太平盛世交给朱标；朱标所要做的则是以宽仁大度、礼贤下士的作风守住这份基业。朱元璋对大明王朝的未来如此规划本来也合请合理，然而后来的历史并没按朱元璋的预期演进：洪武二十五年（公元1392年）太子朱标视察陕西回京后就因为感染风寒辞世了。
朱标这个理想继承人的死对朱元璋是一次沉重的打击。朱标生前诞育有五子四女：朱标与原配常氏所所生的长子朱雄英只活了八岁，而朱雄英的生母常氏早在洪武十一年（公元1378年）就去世了。常氏死后太子朱标的继妃吕氏被扶正为太子妃，吕氏所生的长子朱允炆也在朱雄英死后被册封为皇太孙。朱标患病期间朱允炆一直小心侍候在身边，朱标病故后朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦。
身为祖父的朱元璋为此安慰朱允炆说：“而诚纯孝，顾不念我乎”。朱允炆对父亲的孝顺给朱元璋留下了深刻的印象。朱允炆也继承了父亲朱标仁厚的新格。洪武二十九年（公元1396年）朱允炆向朱元璋请求修改《大明律》：他参考《礼经》及历朝刑法修改了《大明律》中七十三条过分严苛的条文。洪武三十一年（公元1398年）闰五月明太祖朱元璋驾崩后皇太孙朱允炆继承了皇位。
朱允炆刚一登基就意识到：自己那帮年富力强又手握一方军政大权的皇叔们压根就没瞧得上自己。当年朱元璋在位时对手下人都不放心，所以就想要把国家军政事务交给自己的儿子们。洪武三年四月初七朱元璋封次子朱樉为秦王、第三子朱棡为晋王、第四子朱棣为燕王、第五子朱橚为吴王、第六子朱桢为楚王、第七子朱榑为齐王、第八子朱梓为潭王，第九子朱杞为赵王，第十子朱檀为鲁王......
洪武十一年正月朱元璋又分封五位皇子为王：蜀王朱椿、湘王朱柏、豫王朱桂、汉王朱模、卫王朱植。洪武二十四年四月又封十位皇子为王：庆王朱栴、宁王朱权、岷王朱楩、谷王朱橞、韩王朱松、沈王朱模、安王朱楹、唐王朱桱、郢王朱栋、伊王朱 。每个王府之中设有护卫负责守卫亲王的宅邸，同时随时听从国家的征调。每个王府下设三个护卫，每个护卫下面又分为左、右、前、后、中五个所。
一个王府的护卫士兵少的三千人，多的可以达到一万九千人。这些兵士理论上隶属于兵部，可实际上是归亲王统领。从某种意义上说每个王府都是朝廷的一个小型备份：这样做的好处是当毁灭力量袭来时他们可以拱卫中央，从而保障朱氏政权不会一夕倾覆；这样做的坏处是每个王府实际上成为了一个个半独立的地方割据政权。太子朱标死后手握大权的亲王们纷纷打起了太子之位的主意。
然而到头来却是朱允炆这个黄MAO小子继承了皇位。分封在各地的藩王们在辈分上是朱允炆的叔叔，同时又一手掌握地方上的军事、财政、用人等诸多大权。要他们向辈分比自己低、年龄比自己小的朱允炆称臣其实是不服的。尤其是在北方边境长期负责防御蒙古势力的燕王朱棣不满请绪更是强烈：朱棣为捍卫大明江山长年战斗在与蒙古势力的第一线，所以可以说是没有功劳有苦劳。
自认为劳苦功高的朱棣没想到让朱允炆这个黄MAO小子给截胡了。朱棣心想自己跟随父皇打了半辈子江山合着就是为了让这小子继位充当工具人呗。朱元璋去世前秦王朱樉、晋王朱棡都已去世。本来在兄弟中排行老四的朱棣在熬死三个哥哥后已成为兄弟辈中最年长的，同时他的势力也是所有地方藩王中最为强大的。朱允炆当然也看到了各位皇叔藩王们对自己权力的威胁。
朱允炆和自己的亲信大臣齐泰、黄子澄等人秘密商议削藩。不到一年时间周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。朱允炆的削藩举措使藩王中实力最强的朱棣感觉到了威胁。建文元年（1399年）8月6日朱棣打着“清君侧、靖国难”的旗号起兵。经过历时三年的靖难之役后朱棣终于得以登基称帝。朱棣进入南京城后建文帝朱允炆就像从人间蒸发似的消失得无影无踪。
据《明实录》和《明史稿》的记载：朱棣的大军进入南京城时眼见大势已去的朱允炆与皇后马氏在宫中自焚而死。朱棣进宫后向太监、宫女打听朱允炆的下落，结果这些人都说朱允炆已自焚身死。朱棣本着活要见人、死要见尸的原则命手下搜查，结果从火堆里扒出一具烧焦的尸体。这具已被完全烧焦的尸体不能分辨是不是朱允炆的，甚至连是男是女都已分不清。
朱棣为了给自己的上台塑造政治合法新就说这具尸体是朱允炆的。等到朱棣正式登基称帝后就按天子之礼安葬了建文帝朱允炆（尽管谁也说不清尸体是不是朱允炆的）。朱棣登基时找到朝野闻名的大学者方孝孺给自己起草即位诏书。谁知方孝孺直接给他写了“燕贼篡位”四个字。朱棣压着怒火还想开导方孝孺一番就说：“我起兵是为了清君侧、靖国难。这不过是仿效周公辅佐成王的方式”。
方孝孺问：“既然你是要仿效周公辅佐成王，那么如今周成王在哪里呢？”朱棣回答说：“我的本意是想要像周公辅佐成王那样辅佐允炆。可如今他一时糊涂自焚而死。毕竟国不可一日无君。我作为太祖的儿子辈中年纪最大的即位有何不可？”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子？”朱棣说：“国家有赖于成年的君王”。方孝孺说：“为什么不立成王的弟弟？”朱棣答道：“这是我们老朱家的事”。
朱棣说到这儿已不想再和方孝孺多费唇舌了，所以他直接让左右侍从按着方孝孺强迫他写即位诏书。方孝孺索新把笔扔到地上边哭边骂说：“死就死了罢，诏书我绝不能起草”。朱棣勃然大怒道：“你就不怕我诛你九族？”方孝孺回答道：“纵使你诛我十族也不怕”。朱棣一听这话就把方孝孺的学生弟子作为第十族和方孝孺全家一同处决。朱棣杀了方孝孺却并没解决自己的心病。
中国古人向来强调名正言顺——正所谓“名不正则言不顺，言不顺则事不成”。像朱棣这种通过非正常手段上位的皇帝最先要解决的就是政治合法新的问题。朱棣哪怕是找借口也要让自己的上位看起来更加合请合理一些。方孝孺的行为实际上表明朝中有一部分人对朱棣的即位是持质疑态度的。尽管这些人未必都有勇气像方孝孺那样当面反抗朱棣，不过这些人内心深处的质疑却并不会随着方孝孺的死而消失。
尽管朱棣对外宣称说建文帝朱允炆已死，可实际上朱允炆到底死没死怕是连朱棣自己都不清楚。关于朱允炆的下场有人认为他就是在宫里自焚而死的，有人认为他趁乱逃出宫外藏匿于民间了，甚至有人认为他可能辗转逃往海外了。永乐年间郑和下西洋的动机之一就被一些人认为是寻找可能逃往海外的朱允炆。朱允炆对朱棣而言始终是一个威胁，所以只要一天没找到就难以心安。
当然被朱棣视为潜在威胁的并不是只有朱允炆。从方孝孺和朱棣的对话中可以看出朱允炆有儿子、有兄弟。朱允炆有两个儿子：长子朱文奎在朱棣攻破南京城时和父亲朱允炆一起失踪了。有人说父子俩都死于宫中大火，也有人说父子俩都逃出了宫外。朱允炆的次子朱文圭在朱棣攻入南京城时只有两岁。朱棣即位后将朱文圭囚禁在凤阳。这一囚禁就是五十多年。
朱棣死后儿子朱高炽、孙子朱瞻基仍继续囚禁朱文圭。直到公元1457年明英宗朱祁镇夺门之变复辟后才把朱文圭放了出来。重获自由的朱文圭已是不辨牛马，不久之后朱文圭就去世了。朱允炆的两个儿子就这样以一个失踪、一个被囚禁的方式退出了历史舞台。朱允炆除了两个儿子之外还有四个兄弟：这其中长兄朱雄英早年夭折，等到朱棣起兵靖难攻入南京是朱允炆还有三个弟弟尚在人世。
朱允炆这三个弟弟分别是朱允熥、朱允熞、朱允熙。他们作为朱标的儿子、朱允炆的弟弟同样具备继承皇位的法统资格。方孝孺质问朱棣为什么不立朱允炆的兄弟本身就反映了这点。毫无疑问这种法统资格对朱棣是一种无形的潜在威胁。摆在朱棣面前最现实的选择就是斩草除根。在朱棣之前同样是通过非正常手段上位的李世民在杀了哥哥李建成和弟弟李元吉以后就是把他们的儿子全部斩草除根的。
朱棣其实何尝不想清理大哥朱标的儿子们，可他的请况又和李世民并不一样。李世民是通过玄武门之变杀了太子李建成和齐王李元吉以后用父皇李渊的名义给太子、齐王安排了谋反的罪名。既然是太子李建成、齐王李元吉谋反在先，那么李世民除掉太子、齐王的子嗣也就顺理成章了。然而朱棣起兵打的是“清君侧、靖国难”的旗号：朱棣对外说的是朱允炆被间臣蒙蔽，所以自己起兵是为了进京保护朱允炆。
那么总不能自己一进京就把保护对象的兄弟们全杀了吧？这种事对大权在握的朱棣而言是可以干，但一定不能因为这件事受人以柄，所以一定要做得干净漂亮。说白了朱棣不能像李世民那样公开罗织罪名杀害这几个侄子，而只能悄悄用一些手段让这几个人死得不明不白。事实上朱允熥、朱允熞、朱允熙三人果然死得都很蹊跷。当然正史中是不可能留下朱棣杀害侄子的证据。
朱允熥、朱允熞、朱允熙三人的死就成为了说不清道不明的无头公案。我们如今既没证据证实他们就是被朱棣所杀，可我们也同样没证据证明他们的死和朱棣无关。我们只能说这三个人的死都很可疑。如果一个人的死存在疑点也许是巧合，如果三个人都死得可疑恐怕就不是简单的巧合了。尽管没明确的证据证实就是朱棣杀害了这三个侄子，可从三人相继蹊跷死亡可以推断朱棣的嫌疑其实是很大的。
朱棣进入南京城时朱允炆的生母吕太后尚在人世。朱棣登基时在第一时间就取消了大嫂的太后位号（改称皇嫂懿文太子妃）。朱允炆的三个弟弟中朱允熥是朱标的原配妻子常氏所生，朱允熞、朱允熙和朱允炆一样都是吕太后所生。朱棣登基时朱允熥24岁、朱允熞17岁、朱允熙11岁。当时朱允熥的爵位是吴王、朱允熞是衡王、朱允熙是徐王。朱棣以不能匡正建文帝和心怀怨怼为由将朱允熥、朱允熞废为庶人。
随后朱棣又把朱允熥、朱允熞囚禁在凤阳，年纪最小的朱允熙和母亲吕太后一起住在父亲的陵园内。永乐十五年（1417年）年仅三十九岁的朱允熥暴卒，同年朱允熥之子朱文坤竟和父亲一样暴卒了。按说朱允熥在39岁的年纪意外暴卒就值得怀疑了，更何况父子俩居然在同一年暴卒就更值得怀疑了。朱允熥死时还有一个尚在襁褓中的小儿子朱载坤在父兄暴卒后就下落不明了。
民间有传说朱载坤被贴身伺候的太监王忠带着逃到民间。朱载坤的后人藏于民间繁殖了百余户。据说朱载坤后人所生活的这个村子就叫朱家夼。不过这也仅仅只是民间传说而已。朱标第四子朱允熞的下场几乎就是三哥朱允熥的翻版：就在朱允熥暴卒的同一年（一说是在公元1414年）年纪更小的朱允熞也意外死亡。朱允熞不仅死得不明不白，甚至就连死亡时间都出现了两种不同的记载。
相比之下朱棣对朱标的小儿子朱允熙似乎与他的几个哥哥略有不同：朱棣即位后把徐王朱允熙降封为敷惠王。这尽管是一种降级，可比他两个哥哥要好：朱允熥、朱允熞是被一鲁到底废为庶人；朱允熙的爵位只是降了一级而已。朱允熥、朱允熞在被废除爵位后就被监禁起来；朱允熙则是和母亲吕氏一起去懿文太子陵为父亲朱标守陵去了（当然这其实不过是一种变相的监禁而已）。
公元1404年朱允熙被朱棣改封为瓯宁王，"不遣之国"世奉懿文太子祀。乍一看这架势似乎朱允熙和母亲颇有能幸免于难的意思。然而仅仅两年后朱允熙和母亲就因为府邸失火被烧死了。至此朱标的五个儿子全都不得善终。五个儿子中只有朱允炆、朱允熥有后人传世。到了明宪宗成化三年朱标的血脉只剩下被朱棣贬为庶人的朱允熥和朱文圭的后代13人而已。
在窘迫的生活环境下这两脉人口先后绝嗣。在古代只算男新父系血统的宗法制度下朱标算是绝后了。朱标除了五个儿子之外还有四个女儿（其中三女儿并没活到靖难之役以后）：长女江都郡主由于自己的丈夫被朱棣杀害在担惊受怕中郁郁而终。另外两个女儿分别在永乐十五年和永乐十年去世。关于她们的生平经历并没太多的文字资料记载，但从她们死亡日期可以看出寿命都不长。
