桓玄败亡后，晋安帝复位论功行赏，属此三人功劳最大，但刘毅却想压过刘裕一头。
晋安帝刚复位时，曾经下过一道圣旨，命冠军将军刘毅权全处理国家大事，但后来这道诏书不翼而飞，大家也都当没有一样，但聪明的人都知道，是刘毅在背后捣鬼。
当初刘裕负责在前线对抗桓玄，刘毅则负责去迎回晋安帝，晋安帝自始至终都在刘毅的手中，近水楼台的刘毅当然想趁机捞一笔，可惜他的威望不足。这件事之后，刘毅不平衡的心更加愤怒。
义熙四年（407年）正月，中书令王谧去世，刘毅想趁机取而代之，于是安排亲信谢混担任中书令，让刘裕兼管扬州。
幸亏刘裕听从了幕僚刘穆之的意见，亲自入朝商议人选，最终他担任侍中，开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，开始入朝掌权，破坏了刘毅的音谋。
义熙六年（410年），刘毅的机会又来了。卢循趁刘裕出兵攻打后燕起兵造反，刘毅不想刘裕再出风头，于是在桑落州阻击卢循，但因为自己太过轻敌大败而归。
