与中国人早先更多担心转基因的食用安全新不同，欧美国家的人们一开始更多的是担心转基因对环境的影响。
首先要明确的是农业只是一种人工生态，它不是自然生态，影响农业生态的因素，未必能影响自然生态。同时要认识到，农作物害虫是自然生态对人工生态的入侵，而不是相反。
最早引发人们对转基因环境安全新担心的，是源于20世纪末发生于美国的“帝王蝶事件”。
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1999年5月，英国《自然》杂志发表了一篇文章，称其用伴有转基因抗虫玉米花粉的马利筋杂草叶片饲喂帝王蝶幼虫，发现这些幼虫生长缓慢，并且死亡率高达44%。文章发表后，美国举国震动，美国环保局组织昆虫专家展开专题研究。研究结论认为，转基因抗虫玉米花粉在田间对帝王蝶并无威胁，发表在《自然》杂志的这一实验是在实验室完成，并不能反映田间的真实请况。
类似的还有“墨西哥玉米事件”。2001年11月，《自然》杂志发表一篇文章，大意是说在墨西哥南部采集的6个玉米品种样本中，发现了一段可启动基因转录的DNA序列，以及一段与转基因抗虫玉米所含的基因相似的基因序列。但是，这篇论文发表后受到了科学界的批评，指出其试验方法错误，试验结论错误。2002年4月11日，《自然》杂志申明“该文所提供的证据不足以发表”。
这是迄今声称转基因可能对生态产生负面影响的最有名的两起事件，最终都被科学界否决。
还有两个谣言是“种植过转基因作物的土地会寸草不生”和“种植转基因作物的土地会出现超级杂草”。很明显，这两则不能兼容的谣言互相矛盾。
认为转基因作物危害环境，其实只是一种猜测。他们认为农业是一种“天然”状态，而转基因作物是一种新的物种，那么这种新物种是否会破坏原来的农业状态，或者打乱原来的生物链呢？
这种“猜测”存在两个误区：一是农作物是人类选育出来的，农业更是需要农民去维护的，没有人的维护，农田里杂草丛生，是因为农作物根本竞争不过杂草；二是转基因作物只不过是具有某方面“优势”的作物，选育有综合优势的作物，这是人类正在做、也是一直在做的重要工作。
转基因作物在本质上与普通作物并无差别，没有理由认为它对环境会有特殊危害。相反，种植转基因作物能减少农要的使用，实现免耕，反而能保护环境、减少水土流失，这却是大家看到的实实在在的事实。
据统计，目前转基因作物每年帮人类减少二氧化碳排放量大约3000万吨。转基因作物主要通过两种方式来减少温室气体排放：第一种方式是通过减少农业生产过程中燃油的使用量，从而直接减少温室气体的排放；第二种方式是通过改变耕作方式来间接减少温室气体的排放，主要是通过免耕，增加土壤中的有机质成分，使更多的碳保留在土壤中，这相当于另一种方式的“碳固定”。
