戚继光成就了戚家军，而张居正成就了戚继光。张居正去后以后，万历皇帝为了树立自己皇帝的权威，迫不及待的清算这个大权独揽十年的改革家。不仅被剥夺了一切的死后哀荣，还惨被抄家，他的家人也被流放，连张居正自己也差点被鞭尸。
总之，张居正一死，平时那些被他压制的牛鬼蛇神都纷纷开始跳出来弹劾他，而戚继光作为所谓“张党”一员，自然也不能幸免。先是从北方被调回南方，后来又认为他不再适合当官，进而被罢官，连俸禄都被取消了。搞得最后戚继光在贫病交加中死去。
戚继光死后，他带到北方的戚家军也很快迎来自己的噩梦。矛盾的根源是因为南北士兵的纪律不同导致的结果，戚家军多来自江浙地区，在戚继光的统率下纪律严明，战斗力强悍，所以当时镇守蓟州镇的时候，多是以戚家军承担防务，此外由于北方军还是使用较为落后的三眼铳，戚家军已经装备了较为先进的鸟铳。所以，为了推广鸟铳的使用，戚家军又成为了北方军的教官，本来都是士兵，由于戚家军比较受重视，所以让北方军对戚家军充满一种异样的愤怒和不满。
戚继光被调走后，戚家军的日子很是难过，首先就是欠饷问题，戚家军的军饷常年遭到拖欠。为了讨饷，戚家军多次集合起来要求官员给个说法，这些官员中饱私囊，当然不会把银子往外吐，还说戚家军聚众闹事，说他们是刺头。
万历二十年（1592年）壬辰倭乱打响，当时的辽东经略是浙江人宋应昌，可能因为是同样出身江浙地区的原因。又或者是因为这场战争给足了军费，总之宋应昌不仅把之前拖欠的军饷都给发下去，还额外给了他们相当多的补贴。所以戚家军在万历援朝战争中打得十分勇猛，他们也是第一个登上平壤城楼的士兵。但这时候发生了一件事，就是当时提督蓟、辽、冀、川、浙诸军的统帅李如松曾经下令先登城楼者赏银五千两，但后来李如松却并没有实现这一承诺。原因似乎就是因为戚家军是南方军，后来宋应昌解职回国，戚家军的军饷又成了一个问题。
万历二十三年（1595年），戚家军回到驻地石门寨，由于当时朝廷已经拖欠了很久的军饷，这些士兵都已无力生存。于是戚家军再次联合起来向当时的蓟州镇总兵王保讨要说法，这位王保把这些士兵假意有骗到演武场，然后命令其它明军，也就是所谓的自己人将他们尽数屠杀，《明史》上说的是杀了数百人，“蓟三协南营兵，戚继光所募也，调攻朝鲜，撤还，道石门，鼓噪，挟增月饷。保有令赴演武场，击之，杀数百人，以反闻。”《宣祖实录》却说杀了三千多人。总之不管杀了多少人，这一年以后，戚家军就从历史舞台上消失了。
戚继光被罢免，军队拖饷以及这支戚家军被屠杀，可见当时的明朝党派之争已经严重到什么程度，政治腐朽到什么程度。
