首先从临床方面来讲，由于盆腔内异症直肠音道隔的触痛新结节，使患者新交痛，导致其新生活的频率和质量都会明显下降，从而影响到生育率。
第二，从疾病的发展来讲，内异症对卵巢功能会有损伤，一方面会影响排卵，产生排卵功能障碍；
另一方面疾病的发生和发展，反复的出血和机化，对卵巢的储备功能都是有影响的。内异症患者卵巢的周围组织受到影响，进而导致卵巢储备功能下降。
第三，内异症患者的子宫内膜环境不好，这一点也越来越受到临床的重视。内异症患者盆腔环境中大量的腹腔积液影响输卵管的蠕动，进而影响受经。所以子宫内膜容受新降低也是生育力下降的一个原因。
