但在少林足球之后，周星驰的电影里再也没有黄一飞的出现，两人逐渐疏远，对此黄一飞的解释是两人不合，因为在拍摄少林足球时有一场戏是黄一飞被小混混用酒瓶子砸头，为了能够达到周星驰满意的效果，年过半百的黄一飞被糖胶做成的玻璃瓶一遍一遍地往脑袋上砸，可周星驰还是不满意，黄一飞便不断地重复爆头，砸碎了八个酒瓶，直到头破血流才算通过，黄一飞还因此被砸晕过去。
但他醒来时周星驰没有问他伤势怎么样，而是先问他还能不能拍，就是这一举动让黄一飞萌起了与他分道扬镳的念头，看到这儿不由得想起网友对周星驰的评价，“星爷对演戏的痴M程度往往让他忽略了演员的感受”，真正让黄一飞与星爷决裂的原因是因为黄一飞被酒瓶砸头这段被策划商看到后点名要让他代言，还给出数百万的酬劳，但周星驰领到酬劳后只分给黄一飞两千港币，这让他很是不满，于是昔日的好搭档开始反目成仇，黄一飞一度在节目上暗指周星驰忘恩负义，成名前后行为不一，没有成名时一口一个飞哥地叫他，成名后连黄一飞都叫不出口，表示他为“那个谁”“喂喂喂”来代替。
在离开周星驰后黄一飞相继出演了不少作品，但大部分影片反响平平，并没有给他带来多大的成就，甚至有时还会接不到戏，时隔多年当有记者问及还会不会和周星驰合作的时候，黄一飞表示我们没有深仇大恨，见面还是有说有笑的，如果他需要，我还是会去的，更是感机他的知遇之恩，让他拥有一定的知名度。
