康熙三十年二月，圣祖给噶尔丹发去一道敕书，向他陈说利害，促其认清形势，“如决计人降，益从优抚养，断不至失所。”在此之前，圣祖还给达LL嘛写去一封信，要他做噶尔丹的工作，劝他回归清朝。
康熙三十三年五月，圣祖又向噶尔丹发出敕书，要求同他举行“会阅”，一切问题都可“面议”…但噶尔丹阳奉音违，对圣祖的一系列建议和友好的表示，置之不理，暗中仍在进行军事准备，幻想灭亡清朝。他的亲信丹巴哈什哈披露：噶尔丹曾说，将约同青海诸台吉及沙俄与他同攻中国。又暗中鼓动“回子”助他，“计得中国后立回子为中国主，彼则取其暖税。“
噶尔丹不顾圣祖的苦苦劝告，仍然抱着灭亡猜朝的政治野心，继续同沙俄勾结，双方使节频繁往来，密商合作事宜：散布他的反清书札，煽动叛乱；在蒙古草原到处流拿，继续侵掠喀尔喀，远至科尔沁部；派遣间细，刺探猜朝军请。更为严重的是，康熙三十一年八月，在哈密，噶尔丹派500余人将清廷派去联络策妄阿拉布坦的使臣马迪及其随从人员，连同他们的马、驼及行李抢掠一空。
圣祖看到噶尔丹志在与清朝对立，毫无悔改之意，认为“积寇一日不除，则疆域一日不靖。”。噶尔丹统率其部民来去不定，居无定所，故不易捕捉其行踪。经多方侦察，到康熙三十四年十一月，终于得到可靠消息：噶尔丹流窜到巴颜乌兰地方屯聚过冬。圣祖抓住这一时机，虽说已到严冬，仍决定三路进兵：。噶尔丹统率其部民来去不定，居无定所，故不易捕捉其行踪。经多方侦察，到康熙三十四年十一月，终于得到可靠消息：噶尔丹流窜到巴颜乌兰地方屯聚过冬。
圣祖抓住这一时机，虽说已到严冬，仍决定三路进兵：东一路，由黑龙江将军萨布素统率东北三省兵，共6000人，加上厮役共1.2万人，担负迎击、阻其进兵的任务；西一路，由抚远大将军费扬古、振武将军孙思克等统率归化与宁夏兵，计满汉官兵及厮役共计24260余人，堵其归路：中路为主力，由圣祖亲自统率，合官兵厮役，共计32970人。
三路大军，加上预备军队，共动用十余万，火器大炮等尤其充足。圣祖意图，接受前次噶尔丹于乌兰布通溜走的教训，此举务期将其歼灭！“此寇一殄，则边尘荡涤，疆圉辑宁，小安外壤，实在此举。”
经过数月的周密筹划和准备，康熙三十五年，圣祖率中路大军自京师出征；西路军之一部孙思克所率一万兵马亦先于二月二十二日自宁夏起行，另一部由费扬古统领于二月十八日自归化城出征。萨布素所率东路兵则于四月初六日起程。三路大军“皆赴瀚海而北，约期夹攻。”
圣祖率中路军先期B近克鲁轮河。噶尔丹已成惊弓之鸟，突见清军自天而降，不禁大惊，连夜拔帐而逃，狂奔五昼夜，不意于五月十三日与西路军相遇于昭莫多，今乌兰巴托南之宗莫德。噶尔丹尚有万余兵马，作困兽之斗，与清军展开一场血战。费扬古统率清军机战一昼夜，至天亮结束战斗，“斩数千级，降三千，获马驼、牛羊、庐帐、器械无算”，其妃阿奴被鸟抢击毙。噶尔丹仅率数骑又一次逃TUO。六月，圣祖驾还京师，此役结束。
噶尔丹经昭莫多决战，已到了山穷水尽的惨境，无处可归：伊犁旧部尽为其侄策妄阿拉布坦所并，自阿尔泰以西皆非已有。因连年同清军争夺，经锐丧亡，牲畜皆尽；回部、青海、哈萨克皆叛他而去。
所以，此当惨败之后，西归伊犁不得，不为其侄所容；衣南投西藏，以路遥难至；衣北投沙俄，而沙俄拒而不受；听说翁金河有清军余粮运回宁夏，遣兵劫掠，又被清军夹击而败：衣再掠喀尔喀，听说有戒备，亦不敢进犯：遣使入藏，也被清军俘获。现存兵不过于余人，至九月，“四向已无去路，目下掘草根为食。”
圣祖又向噶尔丹发出招降的谕旨，但他执M不悟，不肯服输。圣祖认定：“此贼一日不灭，则边睡一日不宁。”圣祖返回京师后，给策妄阿拉布坦发去一道敕谕，明确地表明态度：“噶尔丹穷凶极恶，不可留于人世，一刻尚存，即为生民之不利，务必剿除，以安厄鲁特蒙古之生。”受尽噶尔丹欺骗、反复无常，且历经远征之苦的圣祖，对他表示出内心的厌恶和痛恨，是理所当然的。他指使策妄擒拿噶尔丹来献，如：“杀之，则以其首来。”
康熙三十五年九月，圣祖再次亲征，经归化城至宁夏。此行巡视边塞，主要是侦察噶尔丹去向，部署兵力堵截擒拿，但仍期待噶尔丹来降，约定以70天为期，逾期即发兵征讨。康熙三十六年二月，圣祖久盼噶尔丹归降，杳无回音，便再率经锐出塞亲征。命马思哈、费扬古两路进兵。此次为迫拿“穷寇”，无须多用兵，计两路不过5000余人。
大军迅速深人，噶尔丹余部纷纷出降，他的亲信也望风归清，其子塞卜腾巴珠也被回人擒于哈密；策妄阿拉布坦拥劲兵设伏于阿尔泰山以待噶尔丹。至三月，噶尔丹自知“人畔天亡”，四面楚歌，“日夕必就俘”，遂饮毒要而死。
横行草原数十年的一代枭雄——噶尔丹，就这样悲惨地结束了自已的生命，他的梦想——重建大蒙古国，也随着他的死而带到天国去了，他当年创造的辉煌，曾像天上的太阳一样笼罩着干里草原！随着不断失败，乃至败亡，顿时消失了一切光彩，只在史册上下一丝痕迹而已。清朝以八年的浴血战斗，终以全胜而告终。多少年来，章原动乱不已，攻杀掠夺无宁日，至此，总算又恢复了宁静，蒙古牧民重新过上安宁的生活。
噶尔丹之失败是必然的。还在明代时，蒙古横行长城内外，与明势均力敌，明难以统一。但清进关后，重新统一天下，这个趋势是不可逆转的。而当清朝站稳了脚跟，政权得到巩固，特别是平定吴三桂叛乱后，清朝空前强大，长城内外的一统之局进一步形成。
在这种形势下，噶尔丹衣自立于北疆，既为清朝一统天下所不容，也有悖于历史潮流。特别是噶尔丹以暴力征伐同族，肆行掠夺，亦遭蒙古诸部的反抗。而且诸蒙古都在走向清朝的统一，倾心于满族贵族，惟独噶尔丹自行其是，且有问鼎中原之志，从中国大一统的历史趋势来考察，噶尔丹所为，不能不是对中国的分裂，实属倒行逆施。他自始至终同沙俄勾结，这就远远超出了中国内部统一与分裂、中央与地方集团之争，而成为叛国的罪人。
所以，无论从哪个方面看问题，噶尔丹其人其事都应予否定！他给草原人民特别是喀尔喀三部百万之众所造成的灾难是不能原谅的。他之分裂，因时代变了，是行不通的；又遇到了勃勃生气的强大对手—圣祖和他的名臣宿将，尽管噶尔丹计谋周全，智慧高超，终究不是圣祖的对手。这大概都是噶尔丹的不幸吧！
清朝之胜利，自然顺应了历史的发展，适应了人民希望安定的愿望，平息噶尔丹之乱是得民心之举。圣祖对蒙古的政策很宽松，很优待，不以武力和军事实力相威胁，而动之以请，待以城悬，就是对噶尔丹的分裂也表现出极大的耐心，千方百计予以争取，在忍到极限而不能忍时，才毅然出兵征剿。这一政策，赢得了蒙古各部上层及下属的拥护，打击了顶固振，争取了中间派，而原先投靠朝廷者更忠心地为之效力。所以清朝的胜利有其必然新，当然，也是其主观努力与实行正确政策的结果。
