《克利夫顿山失踪案》讲述一位年轻女子艾比因处理母亲遗产返回家乡，从而着手调查多年前困扰她的一桩离奇失踪案的故事。电影开场后不久，在返乡的旅游车上，艾比靠窗休息，而兴奋的游客则忙于欣赏瀑布的美景。这样的反差，奠定了电影音郁、疏离的基调。
回到故乡后，艾比所经历的一系列事件都堪称可疑。首先面对的，就是母亲经营的旅店即将被变卖的消息，而接盘者就是当地企业查尔斯·莱克。而后，整理房间时，艾比发现了童年的照片，让她想起了独眼男孩和不了了之的失踪案。
艾比来到警局试着报案，警察在听说当时的她只有7岁时，便想打发她离开。处处碰壁使得艾比只能独自调查，在图书馆的老报纸上，艾比终于找到了独眼男孩自杀的新闻。
经调查，接盘母亲旅店的企业查尔斯·莱克和这名男孩的死有着千丝万缕的联系。负责打捞尸体的捞尸人告诉她，他已经调查许久，暗黑真相远没有被披露，受害者也不止一位。
不久，来自查尔斯·莱克方面的威胁便接踵而至，艾比设计引证人入瓮，但所见之事却越来越离奇，甚至连独眼男孩的父母，也对儿子的死讯表现得不屑一顾。
